W 2009 roku 66% skarg do europejskiego rzecznika praw obywatelskich (European Ombudsman) dotyczyło działań Komisji Europejskiej, z czego 36% – braku transparentności, na przykład utrudniania dostępu do informacji publicznej.
W kwietniu 2009 ujawniona została wewnętrzna notatka rozesłana do pracowników Komisji Europejskiej, w której zaleca się im, by w raportach i korespondencji nie wspominali o prywatnych spotkaniach z lobbystami oraz instruuje, w jaki sposób utrudniać dostęp do informacji publicznej przez wąskie interpretowanie zapytań we wnioskach.
W 2010 roku organizacja Transparency International wyraziła zaniepokojenie podejmowaniem pracy przez byłych komisarzy w sytuacjach mogących stwarzać podejrzenie konfliktu interesów. Brytyjskie czasopismo „Public Servant Magazine” skrytykowało Komisję za rozrzutność i niekontrolowany rozrost biurokracji, której koszty utrzymania wynoszą ponad 8 miliardów euro, z czego koszty samej Komisji to ponad 3,5 miliarda. Zbiorcze raporty na temat wydatków Komisji Europejskiej opublikowało w 2011 roku The Bureau for Investigative Journalism, krytykując równocześnie KE za utrudnianie dostępu do tych informacji.