Nazwa Komisja Europejska przyjęła się po wejściu w życie Traktatu z Maastricht i powstaniu Unii Europejskiej.
Zarzuty o korupcję i niegospodarność W 1999 Komisja została rozwiązana w wyniku zarzutów o korupcję i nepotyzm podniesionych przez audytora wewnętrznego Paula van Buitenena, w których główną rolę grała komisarz Édith Cresson. Bezpośrednią przyczyną rozwiązania Komisji, której przewodniczącym był Jacques Santer, był raport Komisji Niezależnych Ekspertów opisujący brak zarządzania sprzyjający korupcji i niegospodarności:
Zarzuty o nierzetelne rozliczanie środków budżetowych i brak transparentności były podnoszone ponownie w 2004 roku.
Po skandalu w 1999 roku rozwiązaniem problemu miało być uruchomienie biura antykorupcyjnego OLAF. Według Paula van Buitenena w 2008 roku nadal nie funkcjonuje ono skutecznie. Już w latach 2002–2004 zaobserwowano pierwsze przypadki wewnętrznych represji wobec urzędników zgłaszających do OLAF nieprawidłowości w swoich jednostkach.
W 2008 roku Komisja Europejska została skrytykowana przez koalicję organizacji pozarządowych za dopuszczenie do zdominowania grup eksperckich przez lobbystów i przedstawicieli biznesowych grup nacisku.