Piotr Napoleon był wprawdzie przeciwny zamachowi stanu kuzyna (1851), ale wkrótce się z nim pogodził i chętnie przyjął godność Księcia Cesarstwa (Prince d’Empire, ale bez tytułu „Cesarskiej Wysokości”) oraz odpowiednie apanaże, co doprowadziło do całkowitego zerwania z republikanami i socjalistami.
Prowadził od tej chwili rozpustne życie, zapomniany przez wszystkich. Tuż przed upadkiem cesarstwa, w roku 1870, zastrzelił w czasie kłótni dziennikarza Wiktora Noira. Postawiony przed sądem został uniewinniony, o co po upadku Napoleona III obwiniano cesarza.
W roku 1853 ożenił się z prostą robotnicą paryską Jeanne Ruffin, z którą miał syna i córkę. Syn Roland został ojcem sławnej psychoanalityczki Marii Bonaparte.
Opuszczony przez wszystkich, Piotr Napoleon Bonaparte zmarł w wieku 66 lat w Wersalu i został tam pochowany.
Piotr Bonaparte zostawił bogatą spuściznę literacką i popularnonaukową. Pisał po włosku i francusku. Jego talent pisarski nie był wprawdzie wysokiego lotu, ale z książek jego przebija szczere umiłowanie wolności, wielki idealizm i głębokie zainteresowanie losem ruchów wyzwoleńczych w Polsce, Italii i Ameryce Południowej.