Oprócz tego w ramach studiów w Christ College Locke uzyskał stopień magistra sztuki medycznej.

Działalność w roli sekretarza Lorda Shaftesbury Rozważania Locke’a, a także jego uniwersalne humanistyczno-techniczno-medyczne wykształcenie zwróciły na niego uwagę wpływowego polityka, tworzącego właśnie ministerstwo ds. kolonii w brytyjskim rządzie – Anthony’ego Ashleya Coopera – Pierwszego Lorda Shaftesbury. Mianował on Locke’a swoim osobistym sekretarzem i lekarzem. John Locke wstąpił do Towarzystwa Królewskiego w roku 1668. Przez ręce Locke’a przez kilkanaście lat przepływała cała obfita korespondencja między rządami poszczególnych kolonii a rządem Wielkiej Brytanii. Oprócz tego, Locke wraz ze swoim mocodawcą odbył kilkanaście podróży służbowych po niemal wszystkich koloniach brytyjskich. Jak głosi legenda, Locke napisał wtedy konstytucję dla stanu Karolina, której jednak w owym czasie nie zatwierdził jego szef, a będącą później prawzorem konstytucji USA. Kariera rządowa Locke’a skończyła się, gdy wydał się spisek Anthony’ego Ashleya Coopera – Pierwszego Lorda Shaftesbury przeciw królowi Karolowi II. Locke musiał uciec z Anglii do Francji, gdzie przebywał w latach 1675–1679.