W latach 1933–1935 był prorektorem, w latach 1935–1937 dziekanem i w 1938 prodziekanem Wydziału Humanistycznego.

Wojnę i okupację przetrwał szczęśliwie w Wilnie. Formalnie zakończył pracę na Uniwersytecie w momencie jego zamknięcia przez Litwinów 15 grudnia 1939 r. Jednak polski uniwersytet kontynuował działalność w podziemiu: obradował senat, zorganizowano pomoc koleżeńską dla pracowników i ich rodzin, prowadzono tajne nauczanie, organizowano egzaminy. USB był pierwszą wyższą uczelnią, która po klęsce wrześniowej rozpoczęła tajne nauczanie. Czeżowski prowadził potajemne wykłady i egzaminował studentów. Aresztowany przez litewską policję bezpieczeństwa Saugumę 16 września 1943 roku, jako jeden ze stu polskich zakładników po zabójstwie policjanta litewskiego i agenta Saugumy Marianasa Padabasa, ale kiedy wyjaśniło się, że Padabas nie został zastrzelony przez Kedyw AK, ale w pijackiej kłótni przez innego policjanta, Czeżowski został po dwóch tygodniach zwolniony. Niestety 10 zakładników w międzyczasie Litwini rozstrzelali (m.in. profesorów uniwersytetu: profesora medycyny Kazimierza Pelczara i profesora prawa Mieczysława Witolda Gutkowskiego). Wydarzenie to opisuje Czeżowski w swoich wspomnieniach.