Swoim rektorskim przemówieniem inauguracyjnym z 25 listopada 1862 roku, w którym przypominał związki Polski z kulturą Zachodu, zyskał sobie ogromną popularność.W okresie powstania styczniowego 1863 roku Mianowski wspierał studentów i chronił przed represjami (wykorzystał w tym celu swoje znajomości wśród rosyjskiego dworu i arystokracji), celowo pomniejszając wobec władz carskich ich udział w powstaniu. Wielu spośród uczestniczących w walkach figurowało na sfałszowanych listach obecności Szkoły. W końcowej fazie powstania i po jego upadku do Szkoły Głównej zapisało się wielu uczestników, zatajając swą powstańczą przeszłość. Dzięki Józefowi Mianowskiemu Szkoła Główna uniknęła represji popowstaniowych i była swoistym azylem dla młodzieży, której udało się wyjść z powstania.