Po roku Bachowie wyjechali z Mühlhausen/Thüringen z powodu braku odpowiednich warunków do dalszej pracy dla Jana Sebastiana. W tym czasie w kołach duchowieństwa niemieckiego wybuchł spór zwolenników i przeciwników pietyzmu, nurtu religijnego, postulującego powrót do pierwotnych idei Kościoła. Bach nie potrafił lub może nie chciał zająć jednoznacznego stanowiska pomiędzy spierającymi się przełożonymi i to było jednym z powodów jego problemów, a w konsekwencji rezygnacji. Ponadto pietyści nie tolerowali efektownej muzyki religijnej, co dla kompozytora było zniechęcające. Inna przyczyna to kwestie finansowe, kolejna oferta okazała się bowiem korzystniejsza. Zanim doszło do przeprowadzki, w 1708 na zamówienie rady miejskiej napisał Bach kantatę Gott ist mein König (BWV 71), z powodzeniem następnie wykonaną. Z tego okresu pochodzą zdaniem części badaczy także niektóre z wczesnych, znanych dzieł, np. Toccata i fuga d-moll (BWV 565). Sporo skomponowanych wówczas utworów jednak zaginęło.