Praca z uczniami istotnie była przyczyną wielu napięć: młodzieży brakowało dyscypliny, czasem zachowywała się ordynarnie. Doszło nawet do tego, że Bach został napadnięty w ciemnej uliczce przez agresywnego ucznia i musiał bronić się sztyletem.

Bezpośrednią przyczyną rezygnacji z zatrudnienia był jednak konflikt, do którego doszło po wyprawie kompozytora do Lubeki w celu usłyszenia gry organowej Dietricha Buxtehudego. Wyprawa ta obrosła wśród biografów kompozytora w legendę: część z nich utrzymuje, że dotarł tam pieszoTaką informację podaje m.in. NDB.. Samowolne przedłużenie urlopu było nie do przyjęcia dla przełożonych. Czas Bacha w Arnstadt dobiegł końca.

Mühlhausen/Thüringen Nową pracę znalazł Bach w niewielkim Mühlhausen/Thüringen, gdzie został organistą w kościele św. Błażeja (1707). Oprócz gry zaznaczył się zaprojektowaniem przebudowy tutejszych organów, co świadczy o posiadanych kompetencjach i autorytecie, jakim się cieszył w tak młodym wieku.

17 października 1707 roku w Dornheim koło Arnstadt 22-letni Bach poślubił swoją daleką kuzynkę, Marię Barbarę, córkę organisty. Miał z nią siedmioro dzieci, czworo z nich przeżyło do wieku dorosłego.