Lüneburg W 1700 roku, po opuszczeniu domu brata, 15-letni, usamodzielniony już Jan Sebastian przybył do Lüneburga, gdzie przyjęto go jako sopranistę w chórze dla ubogich chłopców tamtejszego kościoła św. Michała. Był to ważny moment w życiu kompozytora, gdyż od tej chwili stał się on samodzielny. Uczęszczanie do szkoły godził z zarobkowaniem jako chórzysta. Za śpiewanie podczas nabożeństw otrzymywał bezpłatne mieszkanie i utrzymanie, dorabiał też sobie podczas ślubów czy pogrzebów.
Wkrótce chłopiec przeszedł mutację głosu, co uniemożliwiło śpiewanie w chórze, lecz pozwolono mu zostać, jako że był utalentowanym muzykiem. Miał dostęp do biblioteki kościoła. Został skrzypkiem i altowiolistą w przykościelnej orkiestrze, sporadycznie udzielał się jako klawesynista i organista, czyniąc wielkie postępy w grze. Prawdopodobnie został także kierownikiem chóru, co może wskazywać na ogromne postępy, jakie poczynił. Zajęcie to pozwoliło Bachowi gruntownie zapoznać się z praktyką muzyki wokalnej. Żywo interesował się muzyką, na miejscu słuchał gry organowej Georga Böhma, za jego namową podróżował do Hamburga, by poznać kunszt wykonawczy wielkich współczesnych organistów, m.in. Johanna Adama Reinckena.