Ohrdruf Jan Sebastian uczęszczał do miejscowego liceum, które dało mu solidne podstawy wykształcenia humanistycznego. W domu brata chłopiec uczył się gry na różnych instrumentach, przepisywał też kompozycje ówczesnych mistrzów, podobno także przy świetle księżycaTaką informację podaje m.in. Albert Schweitzer w monografii Jan Sebastian Bach. Kraków: Polskie Wydawnictwo Muzyczne, 1987.. Kiedy w tamtejszym kościele montowano nowe organy, starszy brat pozwalał młodemu Bachowi przyglądać się. Praktyczna wiedza o budowie organów przydała się później w grze. Jan Sebastian był przede wszystkim organistą, w późniejszych latach grał też na klawesynie, klawikordzie oraz na skrzypcach, altówce, być może także na lutni. W czasach jego młodości fortepian jeszcze praktycznie nie istniał.
Wybitny talent Jana Sebastiana, edukowanego muzycznie pod okiem brata, został zauważony przez kantora liceum, który przekonał Johanna Christopha, by wysłać chłopca na dalszą naukę do Lüneburga w odległej Dolnej Saksonii.