Obecnie istnieją cztery odrębne gatunki tapirów, które należą do jednego rodzaju Tapirus z trzema gatunkami występującymi Ameryce Południowej (tapir amerykański (Tapirus terrestris), tapir górski (Tapirus pinchaque) i tapir panamski (Tapirus bairdii)) oraz jednym gatunkiem z południowo-wschodniej Azji (tapir czaprakowy (Tapirus indicus)). Od momentu odkrycia tapiry były dzielone na aż cztery odrębne monotypowe rodzaje lub podrodzaje na podstawie rozległych i charakterystycznych cech czaszki, z wieloma nazwanymi gatunkami i podgatunkami. Podczas gdy pod względem uzębienia wydaje się to być bardzo jednolity rodzaj, liczne różnice w budowie czaszki, a także różnice zewnętrzne (ubarwienie, obecność grzebienia strzałkowego) między znanymi formami uznano za wystarczający dowód na poparcie pełnej rangi gatunkowej dla każdego z żyjących gatunków. Badania oparte na przeglądzie literatury i analizach morfometrycznych wspierają istnienie trzech rodzajów, jednak ich rozpoznawanie jest nadal odrzucane przez niektórych autorów. Analiza filogenetyczna oparta na mitochondrialnym genie COII wykazała, że T. indicus oddzielił się od neotropikalnych tapirów od 21 do 25 milionów lat temu, T. bairdii oddzielił się od gatunków południowoamerykańskich od 19 do 20 mln lat temu, podczas gdy rozdzielenie się T. terrestris i T.