Ewolucja Prawdziwe tapirowate zostały po raz pierwszy rozpoznane w eocenie w Ameryce Północnej, prawie 50 milionów lat temu. Rodzaj Tapirus pojawił się po raz pierwszy w miocenie (25–5 milionów lat temu), co dowodzi, że istniejące współcześnie tapiry wywodzą się ze starożytnej linii i należą do taksonu, który w przeszłości odnosił duży sukces ewolucyjny. Tapirowate są często nazywane „żywymi skamieniałościami”. Prehistoryczne tapiry występowały na terenach Europy, Ameryki Północnej, Azji Południowo-Wschodniej oraz Chińskiej Republiki Ludowej; w Afryce czy Australii nie odnaleziono żadnych szczątków. Tapiry pojawiły się w Eurazji, migrując przez most lądowy łączący Amerykę Północną i Azję. Wraz z powstaniem Przesmyku Panamskiego między Ameryką Północną a Południową, w okresie pliocenu około 7–2 mln lat temu, tapiry pojawiły się w Ameryce Południowej.
Systematyka thumb|left|Tapir czaprakowy stanowi grupę siostrzaną pozostałych współczesnych tapirowatych Tapirowate, wraz z nosorożcowatymi (Rhinocerotidae) i koniowatymi (Equidae), należą do rzędu nieparzystokopytnych (Perissodactyla), gdzie wraz z nosorożcami tworzą podrząd gruboskórców (Ceratomorpha).