W 2005 był członkiem Honorowego Komitetu Poparcia Lecha Kaczyńskiego w wyborach prezydenckich. Objął funkcję przewodniczącego Rady Fundacji Ius et Lex. Został członkiem Warszawskiego Społecznego Komitetu Poparcia Jarosława Kaczyńskiego w przedterminowych wyborach prezydenckich w 2010.
W 2007 otrzymał nagrodę Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za wybitne osiągnięcia naukowe. Z okazji 70. rocznicy Powstania Warszawskiego Poczta Polska wprowadziła do obiegu znaczki z podobizną prof. Kieżuna.
We wrześniu 2014 na łamach prasy został oskarżony o współpracę ze służbami specjalnymi PRL. Przyznał się do rozmów z SB, jednak zaprzeczył formalnej i świadomej współpracyWitold Kieżun, Syndrom wroga. Odpowiedź Sławomirowi Cenckiewiczowi i Piotrowi Woyciechowskiemu, „Do Rzeczy” nr 39/2013.. Publikacja tych oskarżeń spotkała się z krytyką części historyków i publicystów.
Zmarł 12 czerwca 2021 w wieku 99 lat. 23 czerwca 2021 spoczął w Panteonie Żołnierzy Polski Walczącej na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie.