Ten sezon był bardzo ważny dla Allena, bo po nim miał zostać wolnym agentem. Allen poprowadził Sonics do bilansu 52-30, co oznaczało mistrzostwo Northwest Division. W play-off w pierwszej rundzie pokonali 4-1 Sacramento Kings, a w drugiej przegrali 2-4 z San Antonio Spurs. Allen zdobywał 23.9 punktu, notował przy tym 4.4 zbiórek i 3.7 asyst. Wystąpił ponownie w meczu gwiazd i konkursie rzutów za 3 punkty. Po sezonie został wybrany do drugiej piątki NBA, a w głosowaniu na MVP rozgrywek zajął 9. miejsce. Tak dobra postawa zaowocowała nowym 5-letnim kontraktem, dzięki któremu Allen zarobił 80 milionów dolarów.
Sonics nie powtórzyli tak dobrego sezonu, jak rok wcześniej. Przed sezonem z zespołu odszedł trener Nate McMillan, a zastąpił go Bob Weiss, którego w trakcie rozgrywek zamienił Bob Hill. Żaden z nich nie podołał zadaniu i drużyna z Seattle nie awansowała do play-off, wygrywając tylko 35 meczów w sezonie. Allen zdobywał rekordowe w karierze 25.1 punktu na mecz. Pobił rekord Dennisa Scotta pod względem liczby celnych rzutów za 3 punkty w jednym sezonie, zaliczając 269 trafień.