Widząc zagrożenie Justynian odwołał Belizariusza z frontu perskiego i powierzył mu obronę Italii. Nie zapobiegło to jednak zdobyciu Rzymu przez wojska Totili w 546 roku. W następnych latach operacje wojenne toczyły się głównie w południowej Italii. Wszelkie jednak próby kontrofensywy Belizariusza (do roku 549) kończyły się niepowodzeniem ze względu na niesubordynację i zły stan wojsk.
Kontynuacja konfliktu i zwycięstwo Bizantyńczyków Pokonanego Belizariusza Justynian odwołał z Italii. Prawdopodobnie, obawy dworu w Konstantynopolu, budzić mogła coraz silniejsza pozycja wodza. Nowym dowódcą, wyznaczonym do obrony był eunuch Narses, jeden z najzdolniejszych współpracowników cesarza. Narses na czele 30 000 ludzi rozbił armię Gotów pod Busta Gallorum w roku 552. W bitwie śmierć poniósł Totila ugodzony włócznią przez wodza Gepidów Asbada. Następnie walki przeniosły się do Kampanii. Na czele Gotów stanął Teja, który poniósł rychło śmierć w bitwie pod Cumae, w bitwie pod Mons Lactarius w roku 552. Dwa lata później Narses rozbił ostatecznie wojska Gotów pod Kapuą.
Walki trwały jeszcze kilka lat, ale ograniczały się głównie do zdobywania twierdz będących w posiadaniu niedobitków armii Gotów.