W 1889 i 1890 zorganizował dla wybitnych uczonych 2 konferencje w Hissarlik, aby unaocznić im ogrom wykonanej pracy.
W 1882, po powołaniu w Londynie fundacji dla prowadzenia badań w Egipcie (Egypt Exploration Fund) i podjęciu decyzji o rozpoczęciu pierwszych fachowych wykopalisk w delcie Nilu, poważnie rozważano kandydaturę Schliemanna jako kierownika tych prac. Ostatecznie została ona odrzucona przez Gastona Maspero, zarządzającego wówczas Egipską Służbą Starożytności, który wyrażał obiekcje co do trudnego charakteru niemieckiego kandydataJoyce Tyldesley: Egipt. Jak zaginiona cywilizacja została na nowo odkryta. Warszawa: Prószyński i S-ka, 2006, s. 128-129..
13 listopada 1890 przeszedł operację ucha w Halle w Niemczech, a następnie wyjechał do Włoch, ignorując zalecenia lekarzy. W Boże Narodzenie 1890 upadł na Piazza della Santa Carita w Neapolu i zmarł następnego dnia w swoim pokoju hotelowym.
Jego zwłoki sprowadzono do Aten. W pogrzebie uczestniczył grecki król i następca tronu, tamtejszy korpus dyplomatyczny, członkowie rządu i kierownicy wszystkich greckich instytucji naukowych. Schliemann został pochowany na Pierwszym cmentarzu w Atenach w zbudowanym przez siebie okazałym mauzoleum w stylu antycznym.