W wieku XVII i XVIII rozwój nauk przyrodniczych nabrał tempa, wciąż jednak lawirując wśród utartych poglądów i dogmatów Kościoła.
Anatomia i medycyna Na bazie odkryć Wesaliusza rozwijała się anatomia porównawcza zwierząt. William Harvey do metod Wesaliusza, opartych przede wszystkim na obserwacji, dołączył eksperyment i opisał krwiobieg. Uważany jest on za ojca nowoczesnej fizjologii.
Wynalezienie mikroskopu i zastosowanie go do badań nad strukturą tkanki, komórki i światem pierwotniaków przez Grewa, Hooke’a, Malpighiego i Leeuwenhoek ukazało nowe obszary badań naukowych. W XVII wieku John Ray zainicjował poszukiwania nowoczesnych metod klasyfikacji organizmów, a w XVIII Linneusz wprowadził system nazewnictwa biologicznego, stosowany do dzisiaj.
Cuvier rozwinął anatomię porównawczą zwierząt, a Bichat położył podwaliny pod naukę o budowie tkanek (histologia). Rosjanin Baer rozwinął spostrzeżenia Cuviera i Bichata, uzupełniając je o obserwacje z dziedziny rozwoju zarodkowego zwierząt, dając początek nowoczesnej embriologii.
Teoria ewolucji Darwina W 1858 roku Charles Darwin przedstawił teorię ewolucji biologicznej dokonującej się przez dobór naturalny.