Książki były gromadzone w miejscach trudno dostępnych (klasztory), znikły szkoły filozofii, spadł ogólny poziom wykształcenia. Duchowieństwo zawładnęło szkolnictwem, zajmowano się jednak przede wszystkim zagadnieniami nadprzyrodzonymi, nadając mistyczne znaczenie zjawiskom naturalnym. Doprowadziło to do pseudonaukowych dyskusji z powoływaniem się na wyrwane z kontekstu stwierdzenia starożytnych autorów i znacznego upadku przyrodoznawstwa. I tak na przykład przekonywano, że odkryte na Słońcu plamy są złudzeniem optycznym, ponieważ Arystoteles w którymś miejscu powiedział, że „Oblicze słońca pozbawione jest plam”.
W średniowieczu zaadaptowano jednak wiele teorii i wiedzy przyrodniczej od uczonych arabskich, w szczególności w zakresie medycyny i walki z epidemiami.
Nowa era biologii Odrodzenie przyniosło zmiany światopoglądowe, umożliwiające szybszy rozwój nauk przyrodniczych. Rozpowszechnienie się w Europie nowych metod druku, wielkie odkrycia na morzu, powstanie licznych uniwersytetów, wymiana myśli pod wpływem wędrówek wywołanych krucjatami – wszystko to doprowadziło do rozbudzenia ciekawości światem. Odrodzenie przyniosło też nawrót do badań naukowych. W czasach tych tworzyli Galileusz i Kartezjusz.