W tym samym roku przydarzył mu się wypadek, który na trwałe spowodował drobną deformację górnej wargi. Na przestrzeni lat powstało wiele wersji dotyczących okoliczności wypadku. Najbardziej wiarygodną historię przytaczał Nathaniel Benchley, według którego blizna powstała w wyniku konwojowania więźnia marynarki wojennej ze statku stojącego w doku do Portsmouth Naval Prison w stanie New Hampshire. Więzień uderzył Bogarta kajdankami w usta, gdy ten częstował go papierosem. Ogłuszony marynarz postrzelił zbiega w nogę.
W 1919 – pięć miesięcy po zawieszeniu broni – Bogarta przeniesiono na USS Santa Olivia, transportowiec przeznaczony do przewożenia żołnierzy z Europy do domu. 14 kwietnia przyszły aktor, w wyniku libacji alkoholowej zorganizowanej dzień wcześniej, spóźnił się na statek, który odpłynął bez niego. Bogarta potraktowano jako dezertera. Oddał się w ręce władz, wyrażając skruchę i gotowość do odbycia kary za zlekceważenie obowiązków. Jego tłumaczenie uznano po kilku tygodniach. Został skazany na trzy dni aresztu. Gdy honorowo zwolniono go z wojska, jeden z oficerów wystawił mu w karcie osiągnięć najwyższą ocenę w zakresie powagi i posłuszeństwa.