Przedwczesne przerwanie nauki wywołało duże rozczarowanie rodziców Bogarta, zwłaszcza ojca, który liczył na to, że jego jedyny syn, podobnie jak i on, ukończy dobrą szkołę i zostanie lekarzem.
Ojciec – w porozumieniu ze znajomym architektem i budowniczym okrętów – załatwił Bogartowi pracę w stoczni na Manhattanie. 28 maja 1918, nie mając realnych możliwości zrobienia kariery, w sekrecie przed rodzicami udał się metrem do Brooklynu, gdzie zaciągnął się do United States Navy, podczas amerykańskiego zaangażowania w I wojnę światową. Jak wspominał: „Wojna to było coś! Paryż! Francuskie dziewczyny! Cholernie gorące”. Przeszedł podstawowe przeszkolenie w Naval Reserve Training Station w Pelham w stanie Nowy Jork, uzyskując stopień sternika. Wraz z grupą innych chłopców otrzymał przydział na SS Leviathan transportujący żołnierzy. Drugiego dnia po wyjściu w morze odmówił wykonania rozkazu, przez co został surowo ukarany. Z uwagi na szereg uchybień wielokrotnie trafiał do aresztu i zdegradowano go do stopnia marynarza. Przegrał również żołd w karty. Nigdy nie widział walki, ponieważ wojna dobiegła końca 11 listopada 1918, pięć i pół miesiąca od momentu, gdy się zaciągnął.