Współkonsekratorami byli biskup lublański Jakob Missia oraz biskup porecko-pulski Giovanni Battista Flapp.
Ingres odbył 27 marca 1897. Diecezja Krk była wówczas chorwacko-włoskim tyglem narodowościowym, położonym w Austro-Węgrzech. Nominacja uznawanego za neutralnego narodowościowo Słoweńca, została dobrze odebrana przez Włochów. Chorwaccy diecezjanie przyjęli go z nieufnością. Wbrew oczekiwaniom zajął prochorwackie stanowisko. Po objęciu diecezji skroatyzował swoje imię i nazwisko, podpisując się Antun Mahnić. Związał się z . Przez okres swojego pontyfikatu działał na rzecz praw Chorwatów.
Osią sporu pomiędzy oboma narodami zamieszkującymi diecezję była liturgia w języku staro-cerkiewno-słowiańskim, na odprawianie której tutejsi kapłani mieli przywilej sięgający średniowiecza. Włosi oczekiwali od biskupa jej zniesienia, Chorwaci natomiast obawiali się tego zakazu. Bp Mahnič, po przestudiowaniu zagadnienia, stał się zwolennikiem liturgii w języku staro-cerkiewno-słowiańskim i w 1902 założył Akademię Staro-Cerkiewno-Słowiańską w celu studiowania i promowania tego języka w liturgii.