Prowadzi także dialog ekumeniczny, przejawiający się we współpracy z duchownymi różnych wyznań oraz uczestnictwie w międzynarodowych sieciach chrześcijan LGBT.
W sferze publicznej fundacja pełni funkcję rzecznika interesów wierzących osób LGBTQ+, reagując na przejawy dyskryminacji oraz promując postawy akceptacji wewnątrz struktur religijnych. W ostatnich latach organizacja rozszerzyła zakres działań o pomoc humanitarną, czego wyrazem było systemowe wsparcie udzielane uchodźcom LGBTQ+ po wybuchu wojny w Ukrainie w 2022 roku, obejmujące pomoc w zakwaterowaniu oraz opiekę specjalistyczną.
Relacje z Kościołem instytucjonalnym i kontrowersje Działalność Fundacji Wiara i Tęcza spotyka się ze zróżnicowanym odbiorem w strukturach Kościoła rzymskokatolickiego w Polsce. Oficjalne stanowiska Konferencji Episkopatu Polski wobec postulatów środowisk LGBTQ+ pozostają krytyczne, co wpływa na relacje fundacji z hierarchią. Przykładem napięć było stanowisko Episkopatu z 2020 roku dotyczące duszpasterstwa osób LGBT, które – choć dopuszczało potrzebę opieki duchowej – odrzucało formy akceptacji sprzeczne z tradycyjną doktryną moralną.