XXI wieku fundacja angażowała się w przeciwdziałanie homofobii w sferze publicznej oraz prowadziła działania pomocowe, czego przykładem było wsparcie udzielane uchodźcom LGBTQ+ po wybuchu wojny w Ukrainie w 2022 roku.
Cele i działalność Głównym celem Fundacji Wiara i Tęcza jest budowanie płaszczyzny porozumienia między społecznością osób LGBTQ+ a działającymi w Polsce kościołami chrześcijańskimi, ze szczególnym uwzględnieniem dialogu z Kościołem rzymskokatolickim. Organizacja koncentruje się na zapewnianiu wsparcia duchowego i psychologicznego poprzez prowadzenie lokalnych grup wsparcia oraz organizowanie cyklicznych wydarzeń formacyjnych, takich jak Ekumeniczne Dni Skupienia. Spotkania te, o charakterze modlitewnym i rekolekcyjnym, stanowią przestrzeń integracji tożsamości religijnej z orientacją seksualną lub tożsamością płciową.
Fundacja prowadzi również szeroko zakrojoną działalność edukacyjną i wydawniczą, której efektem są publikacje książkowe oraz broszury informacyjne skierowane do wiernych, rodziców osób LGBTQ+ oraz hierarchów kościelnych. Działania te obejmują także przybliżanie polskiemu odbiorcy dorobku teologii queer oraz dokumentów zagranicznych wspólnot chrześcijańskich dotyczących inkluzywnego duszpasterstwa.