Głównymi zagrożeniami na przestrzeni lat było niszczenie środowiska ich życia przez wycinkę i rozwój gospodarki oraz pożary i huragany. Problem stanowiły również gatunki inwazyjne – drapieżniki (wąż zbożowy, Pantherophis guttatus) czy te stanowiące konkurencję (między innymi wróbel zwyczajny, Passer domesticus, i szpak zwyczajny, Sturnus vulgaris). Na początku 2018 podano w wątpliwość obowiązujący wówczas status zagrożenia. Ostatnie obserwacje pochodziły wówczas z czerwca 2016. We wrześniu 2016 w Bahamy uderzył huragan Matthew. Prowadzone na początku 2018 czterodniowe poszukiwania nie przyniosły rezultatów. Pojawiły się sugestie, by status zagrożenia zmienić na CR (krytycznie zagrożony wyginięciem), być może nawet gatunek należałoby uznać za wymarły. 23 sierpnia 2018 BirdLife International ogłosiło, że dokonano ponownego odkrycia kowalika bahamskiego. 1 maja 2018 podczas badań terenowych, wówczas trwających już około sześciu tygodni, zlokalizowano parę kowalików bahamskich, a blisko 3 tygodnie później obserwowano młodocianego osobnika. Sporządzono dokumentację fotograficzną – zarówno w maju, jak i w kolejnych miesiącach. Późnym latem 2019 w wyspy uderzył wyjątkowo silny huragan Dorian, który spowodował jeszcze więcej zniszczeń.