W 1998 na zaproszenie Dyrekcji Generalnej Starożytności i Muzeów Syrii rozpoczął ratunkowe badania w Hawarte (niedaleko Apamei, prowincja Hama). Pierwotnym celem prac było zabezpieczenie odsłoniętych tam malowideł, pokrywających ściany groty ulokowanej pod podłogą kościoła z V wieku. Profesor Gawlikowski zidentyfikował grotę jako mitreum, czyli sanktuarium perskiego boga Mitry. Rozpoczął wieloletni projekt archeologiczno-konserwatorski z ramienia CAŚ UW, zakończony w 2010 rokuWagner M., Zielińska D. (eds) „Hawarte. Ostatnie arcydzieła mistrzów antyku”, Warszawa 2012..
W latach 2014–2019 kierował Saudyjsko–Polską Ekspedycją Archeologiczną, która badała rzymską faktorię handlową na stanowisku Aynuna, identyfikowanym ze starożytnym Leuke Kome. Badania realizowane były we współpracy CAŚ UW z Saudi Commission for Tourism and National Heritage.
Dydaktyka Jest doświadczonym wykładowcą akademickim, promotorem kilkudziesięciu prac magisterskich, kilkunastu doktoratów, a także autorem recenzji habilitacyjnych i profesorskich.
Odznaczenia 2003 Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski 2016 Nagroda im. prof.