Status prawny AK Armia Krajowa była podziemnym Wojskiem Polskim, częścią Sił Zbrojnych RP podległych konstytucyjnym władzom państwowym działającym na obczyźnie. Poprzez swojego Komendanta ZWZ podlegał Naczelnemu Wodzowi Polskich Sił Zbrojnych. 3 września 1941 Naczelny Wódz w depeszy skierowanej do Komendanta Głównego Związku Walki Zbrojnej oraz Delegata Rządu RP na Kraj podkreślił, że Organizację Wojskową w Kraju uważa za główną część dowodzonych przez siebie Sił Zbrojnych.
Rozkazem Naczelnego Wodza z 14 lutego 1942 stwierdzono, że „wszyscy żołnierze w czynnej służbie wojskowej w Kraju stanowią Armię Krajową” podległą jej Dowódcy. W grudniu 1942, podczas oficjalnej wizyty w USA, Naczelny Wódz gen. Władysław Sikorski w rozmowie z gen. Hayesem Kronerem ze Sztabu Generalnego USA podkreślił:
Dowodzę (...) dwiema armiami. Jedna składa się z Polskich Sił Zbrojnych w Zjednoczonym Królestwie i Afryce wraz z Polskim Lotnictwem i Marynarką Wojenną. Druga zaś, ilościowo znacznie silniejsza, jest to Polska Tajna Organizacja Wojskowa rozrzucona po całym obszarze terytorialnym Rzeczypospolitej. (...) Organizacja jej jest niemal analogiczna z organizacją Polskich Sił Zbrojnych walczących po stronie zjednoczonych Narodów.