W wyniku działań wojennych organy uległy uszkodzeniom. Do końca XX wieku przeprowadzono kilka interwencji remontowych, wskutek których utraciły swoje barokowe brzmienie i walory konstrukcyjne. Pierwszym proboszczem parafii św. Jacka po wojnie był ksiądz Karol Chmielewski – zlecił on naprawę instrumentu, a remont wykonał organmistrz Wilhelm Voelkner z Duninowa. W 1950 z instrumentu wymontowano cały zespół brzmieniowy pedału oraz piszczałki kilku głosów pierwszego manuału – organmistrz Stefan Truszczyński z Włocławka wykorzystał je do budowy organów w kościele Mariackim w Słupsku. W 1972 organmistrz Jarzemowski uzupełnił brakujące piszczałki manuału. W 1976 toruński oddział Pracowni Konserwacji Zabytków opracował pierwszą powojenną dokumentację historyczno-konserwatorską oraz inwentaryzację pomiarową organów. W 1980 organmistrz Zygmunt Kamiński z Warszawy wykonał i zainstalował sekcję pedału. W latach 1985–1986 pracownia konserwatorska Muzeum Pomorza Środkowego w Słupsku uzupełniła brakujące elementy prospektu i poddała go konserwacji.