Dla ułatwienia wspólnej pracy nad kodem źródłowym programu, rozpoczęto korzystanie z systemu kontroli wersji CVS.
Od tej wersji zaczęło się powiązanie numeracji głównej linii rozwojowej GIMP-a z używaną przez nią wersją GTK.
Wersja 1.2 została wydana w Boże Narodzenie 2000 roku, w której naprawiono istniejące błędy oraz usprawniono interfejs użytkownika.lewo|thumb|Przełączanie się między oknami w GIMP-ie 2.6|304x304px Linia 2.x Prace związane z pierwszym wydaniem GIMP-a z linii 2.x związane były głównie z przepisaniem niemalże całego kodu programu, starając się zachowując przy tym funkcjonalność z poprzedniej wersji. W GIMP-ie 2.0 wydanym 24 marca 2004 zaktualizowano również bibliotekę używaną do wyświetlania interfejsu z GTK+ do GTK+ 2. Dodano możliwość dokowania okien narzędzi w panelach. Ulepszono również wiele narzędzi w tym m.in. do edycji tekstu.
W wersji 2.2 wydanej 19 grudnia 2004 między innymi dodano podstawowe wsparcie dla obsługi ścieżek, ulepszono wsparcie dla wtyczek i edycji skrótów klawiszowych. Usprawniono również funkcję przeciągnij i upuść oraz kopiowanie i wklejanie do zewnętrznych aplikacji.