Minięcie planety nastąpiło o godzinie 05:43:40 UTC w odległości 2 304 537 km (poza orbitą jowiszowego księżyca Kallisto). Podczas wykonywania tego manewru sonda została przyspieszona do maksymalnej prędkości podczas misji wynoszącej 22,85 km/s, czyli 82 260 km/h (jest to prędkość sondy względem Słońca). W tym czasie sonda wykonała badania magnetosfery i atmosfery planety oraz kilku księżyców. Zrobiła między innymi bardzo dobre zdjęcia księżyca Io i jego aktywności wulkanicznej. 25 września 2007 – dokonano korekty trajektorii sondy. O godzinie 20:04 na 15 min i 37 s uruchomiony został silnik, co spowodowało przyrost prędkości o 2,37 m/s„Maneuver Puts New Horizons on a Straight Path to Pluto”. (ang.) Johns Hopkins APL. 2007-09-27. Zarchiwizowano 2011-03-01 [dostęp 2018-12-30].. 8 czerwca 2008 – sonda z prędkością 18,26 km/s (65 736 km/h) minęła orbitę Saturna. Po 870 dniach lotu sondy odległość od Słońca wyniosła 10,06 j.a., czyli ponad 1,5 mld kilometrów.