Rozwój miasta przerwała wojna polsko-rosyjska, podczas której w 1655 Grodno zajęły i zniszczyły wojska rosyjskie pod dowództwem Iwana Chowańskiego. Na wydany w lutym 1659 przez hetmana Pawła Sapiehę rozkaz, Grodno odbił pułkownik królewski Idzi Bremer.
W 1667 konsekrowano pierwszy niewielki kościół jezuitów (w pobliżu dzisiejszej katedry), a rok później kościół św. Krzyża należący do karmelitów. Po zniszczeniach wojennych kanclerz wielki litewski Krzysztof Pac odbudował zamek na siedzibę Sejmu i Senatu, ponieważ Sejm w 1673 uchwalił, że co trzeci sejm walny Rzeczypospolitej od 1678 będzie odbywał się w Grodnie (poza sejmami konwokacyjnym, elekcyjnym i koronacyjnym) – były to tzw. sejmy grodzieńskie. Miasto tym samym zyskało nieoficjalnie status trzeciej stolicy Rzeczypospolitej. Spowodowało to powstanie w mieście i okolicach wielu pałaców i dworów szlacheckich. Powstają wtedy m.in. pałace Radziwiłłów, Sapiehów, Puchalskich, Ogińskich. W 1700 ukończono także budowę przy rynku kościoła Jezuitów (obecnej katedry).