Eugeniusz III utrzymywał zresztą regularną korespondencję z opatem Bernardem z Clairvaux i chętnie korzystał z jego rad.

1 grudnia 1145 roku papież zaapelował w bulli do francuskiego króla Ludwika VII o podjęcie II wyprawy krzyżowej (1147–49). W tym samym czasie zwrócił się o pomoc do króla niemieckiego Konrada III przy powrocie do Rzymu i ograniczeniu władzy komuny miejskiej i Rogera II. Konrad jednak postanowił wesprzeć papieża w drugiej krucjacie. Porażka tego przedsięwzięcia poważnie nadwerężyła autorytet papiestwa oraz Bernarda z Clairvaux, który mocno zaangażował się w jej propagowanie. Polska i Saksonia zostały zwolnione od udziału w wyprawie do Ziemi Świętej w zamian za uderzenie na pogańskich Słowian Połabskich. Po powrocie do Włoch, Eugeniusz ekskomunikował Arnolda z Brescii 15 lipca 1148 roku. Przy pomocy Rogera II, papież przyjechał do Rzymu w 1149 roku, lecz wrogo nastawieni mieszczanie zmusili go do ponownego wyjazdu. Wówczas Konrad III rozpoczął negocjacje, które zakończyły się powodzeniem i obietnicą nadania mu korony cesarskiej na jesieni 1152 roku. Jednak król niemiecki zmarł 15 lutego i na cesarza rzymskiego miał zostać koronowany jego następca Fryderyk I.