Pontyfikat Eugeniusz III został papieżem w bardzo trudnym momencie. W Rzymie powstała dwa lata wcześniej komuna miejska, która była przeciwna świeckiej władzy papieża. W chwili wyboru Eugeniusza w mieście trwała zbrojna rewolta, której przewodniczył Arnold z Brescii, uniemożliwiająca intronizację. Do jego konsekracji i koronacji doszło w położonym poza miastem opactwie Farfa 18 lutego 1145.
Wskutek zatargów z komuną miejską Eugeniusz III przez większą część swego pontyfikatu (do grudnia 1145, 1147–1149 i 1150–1152) rezydował poza Rzymem. Jego powroty, możliwe wyłącznie dzięki zbrojnej pomocy króla sycylijskiego Rogera II, okazywały się za każdym razem krótkotrwałe. Na ten czas przypada kariera trybuna ludowego Arnolda z Brescii, jednego z liderów rzymskiego stronnictwa republikańskiego. Siedzibami papieża były kolejno Tivoli, Viterbo i Siena, jednak w latach 1147–1149 odbył on podróż do Francji, gdzie przewodniczył wielu synodom (m.in. w Paryżu, Reims i Trewirze), poświęconym głównie reformie duchowieństwa. Chodziło zwłaszcza o potępienie nadmiernego bogactwa i chciwości duchownych. Przez pewien czas siedzibą papiestwa było opactwo Clairvaux.