Sześciokrotnie plasowała się w czołowej dziesiątce, a raz stanęła na podium: 19 grudnia 2002 roku w Linzu zwyciężyła w sprincie stylem dowolnym. W klasyfikacji generalnej była szesnasta, a w sprinterskiej trzecia za Marit Bjørgen i Bente Skari. Na rozgrywanych w 2003 roku mistrzostwach świata w Val di Fiemme nie obroniła tytułu wywalczonego w Lahti, rywalizację w sprincie techniką dowolną zakończyła na szóstej pozycji. Na tych samych mistrzostwach była także czternasta w biegu na 10 km stylem klasycznym i osiemnasta na dystansie 30 km stylem dowolnym. Ponadto Finki z Manninen w składzie ponownie zajęły drugie miejsce w sztafecie, jednak podobnie jak dwa lata wcześniej zostały zdyskwalifikowane za doping (we krwi Kaisy Varis wykryto EPO)BBC Sport: Finnish skier fails drugs test .