Został on na nowo połączony z kościołem nowym budynkiem klasztornym zaprojektowanym przez Macieja Małachowicza, ukończonym ostatecznie w 2008 roku i wykorzystywanym przez dominikanów.
II wojna światowa i odbudowa Pod koniec II wojny światowej, kiedy Wrocław został ustanowiony niemiecką twierdzą (Festung Breslau), kościół św. Wojciecha uległ poważnemu zniszczeniu w wyniku bombardowania i ostrzału artyleryjskiego. Ocalały jedynie kaplica bł. Czesława, zakrystia (obecnie kaplica akademicka św. Dominika) oraz kaplica Męki Pańskiej (obecnie zakrystia). W latach 1946–1949 przeprowadzono prace zabezpieczające, jednak świątynia pozostawała w ruinie.
W 1951 roku administrator apostolski archidiecezji wrocławskiej, ks. infułat Kazimierz Lagosz, sprowadził dominikanów, którzy przystąpili do odbudowy kościoła. Szczątki doczesne ks. Lagosza – jako współczesnego fundatora kościoła i klasztoru – przywieziono później z Cmentarza Powązkowskiego w Warszawie i złożono w podziemiach świątyni, co upamiętnia tablica przy wejściu do zakrystii. W 1953 roku erygowano dom zakonny, z czasem przekształcony w konwent. Pierwszy etap odbudowy pod kierunkiem Jerzego Rzepeckiego miał miejsce w latach 1953–1955.