Twórczość Znaczenie Eimerta leży głównie w jego badaniach nad nową muzyką. Obok Arnolda Schönberga, Jefima Gołyszewa i Josefa Matthiasa Hauera był jednym z czterech niezależnych odkrywców dodekafonii. W 1923, będąc jeszcze studentem, napisał traktat o atonalności Atonale Musiklehre, który uważa się za pierwszy systematyczny opis techniki dwunastotonowej, obejmujący aspekty teorii Hauera oraz techniki kompozytorskie i system notacji Gołyszewa. Nakreślił tam również estetyczne podstawy muzyki dodekafonicznej, które zastosował w swoim I Kwartecie smyczkowym skomponowanym rok później. Był orędownikiem integralnego serializmu i muzyki elektronicznej, opowiadając się za nową muzyką jako logicznym przedłużeniem serialnej praktyki Weberna, zwłaszcza w odniesieniu do jej aspektów punktualistycznych.
Zagadnienia dotyczące dodekafonii, serializmu, aleatoryzmu itp. były również tematem jego późniejszych prac teoretycznych – Lehrbuch der Zwölftontechnik (1950) i Grundlagen der musikalischen Reihentechnik (1963). Napisał też wiele znaczących artykułów na temat muzyki elektronicznej, a wraz z Hansem Ulrichem Humpertem jest współautorem Das Lexikon der elektronischen Musik (1973).