W 1951 wraz z Wernerem Meyer-Epplerem i Robertem Beyerem założył i został jego dyrektorem, sprawując tę funkcję do 1962. Współpracował tam m.in. z Karlheinzem Stockhausenem, który od 1952 był jego asystentem, a po 1962 przejął zwierzchnictwo nad Studiem. Było to pierwsze tego rodzaju studio poświęcone muzyce wykorzystującej dźwięki generowane elektronicznie. Powstało tam wiele najważniejszych utworów na taśmę z późnych lat 50., m.in. Gesang der Jünglinge i Kontakte Stockhausena czy Artikulation Ligetiego. Równocześnie w latach 1955–1962 Eimert i Stockhausen współredagowali czasopismo „Die Reihe” poświęcone nowej muzyce (dodekafonicznej, serialnej, elektronicznej). Te działania uczyniły z Kolonii ważny ośrodek powojennej awangardy europejskiej i stały się inspiracją dla młodych kompozytorów, takich jak Karel Goeyvaerts, Henri Pousseur, Mauricio Kagel, Franco Evangelisti, Gottfried Michael Koenig, Stockhausen, Ligeti i wielu innych.
Od 1951 do 1957 Eimert prowadził wykłady na Międzynarodowych Letnich Kursach Nowej Muzyki w Darmstadcie. W latach 1965–1971 wykładał w konserwatorium w Kolonii, gdzie kierował studiem muzyki elektronicznej.