W 1879 roku w asyście zaproszonego Guy de Maupassanta spalił otrzymywaną przez całe życie korespondencję, w tym od matki, George Sand i Louise Colet. Kilka miesięcy później Flaubert zmarł w swoim domu w Croisset z powodu wylewu krwi do mózgu.
Pochowany został w grobie rodzinnym na cmentarzu w Rouen; w pogrzebie uczestniczyli m.in. E. Zola, A. Daudet, G. de Maupassant i Edmond de Goncourt. W dawnym szpitalu Hôtel-Dieu, gdzie poza muzeum historii medycyny umieszczono także jego muzeum, w 1890 odsłonięto poświęcony mu pomnik projektu Henri Chapu.
Twórczość Pisarz zadebiutował dwoma utworami młodzieńczymi o treści erotycznej: Mémoires d’un fou (1838) i Novembre (1842, przekł. Wilhelma Mitarskiego: Listopad, 1920).
Pierwszym dojrzałym dziełem Flauberta była powieść Madame Bovary (1857, przekład polski L. Kaczyńskiej: Pani Bovary, 1878; nowy przekł. Alfreda Iwieńskiego, 1914). Autor ukazał smutne dzieje bohaterki z nieubłaganie naturalistyczną wiernością, rozmyślnym chłodem i ściśle poprawnym językiem. Powieść była krytykowana jako niemoralna, co spowodowało nawet próbę pociągnięcia autora do odpowiedzialności karnej.