Śmierć Magellana thumb|Śmierć Magellana na wyspie Mactan Kierując się na północ, 13 lutego 1521 roku załogi przekroczyły równik. 6 marca odkryły wyspy Guam i Rota w archipelagu Marianów, a 16 marca dotarły do wyspy Homonhon w Archipelagu Filipińskim. Do tej chwili pozostało tylko 100 członków wyprawy. Magellan był w stanie porozumiewać się z tamtejszymi mieszkańcami, gdyż jego malajski tłumacz rozumiał ich język. 7 kwietnia żeglarze dotarli do wyspy Cebu. Magellan zorganizował tam postój, polecając jednocześnie nawracanie miejscowej ludności na chrześcijaństwo. W zaledwie kilka dni od 14 kwietnia 1521 roku prawie wszyscy przywódcy wysp otaczających Cebu przyjęli chrzest i zgodzili się podpisać traktat z Hiszpanami. Traktat ten miał zapewnić Hiszpanii wyłączność na handel z wyspami będącymi pod panowaniem przywódcy Cebu w zamian za protekcję. Po niespełna tygodniu Magellan otrzymał wiadomość, że Lapu-Lapu – przywódca Mactanu, zbuntował się i odmawia dostarczania towarów przeznaczonych dla Hiszpanów. Magellan zapowiedział użycie siły. Władca Cebu zaoferował mu pomoc w postaci około tysiąca wojowników, jednakże Magellan odmówił, chcąc w sile własnych ludzi zademonstrować swoją potęgę.