Na 52° szerokości południowej, 21 października 1520 roku flota osiągnęła Cape de las Virgenes i stwierdziła, że przejście zostało znalezione, ponieważ woda była słona i głęboka. Cztery statki rozpoczęły powolną żeglugę przez liczące 372 mile przejście, które Magellan nazwał Estreito de Todos los Santos (Cieśnina Wszystkich Świętych), ponieważ flota wpłynęła na nie w dniu Wszystkich Świętych, 1 listopada. Obecnie nosi ona nazwę Cieśniny Magellana.
Magellan zlecił najpierw statkom „San Antonio” i „Concepcion” zbadanie cieśniny, ale ten pierwszy, dowodzony przez Gomeza, zdezerterował i zawrócił do Hiszpanii, gdzie dotarł w dziewięć dni po śmierci Magellana. 28 listopada pozostałe trzy statki wypłynęły na południowy Pacyfik. Magellan nazwał te wody Mar Pacifico (Morze Spokojne) z racji jego spokojnych przez cały pierwszy etap podróży wód.