Szadżar ad-Durr prowadziła sprawy państwa także wtedy, kiedy As-Salih Ajjub był już do tego niezdolny, złożony śmiertelną chorobą w krytycznym momencie ataku VI wyprawy krzyżowej na Egipt w roku 1249. Kiedy sułtan ostatecznie zmarł 21 listopada 1249 roku, wdowa po nim niejako w naturalny sposób przejęła stery rządu. Działając w porozumieniu z emirem Fachr ad-Dinem, który objął stanowisko naczelnego dowódcy (atabak al-asakir), Szadżar ad-Durr zataiła śmierć swojego męża i sfałszowała jego podpis na dekretach nakazujących złożenie przysięgi lojalności sułtanowi i jego synowi, Al-Mu’azzamowi Turan Szahowi (1249 - 1250). Jednocześnie do Hisn Kajfy (dzis. Hasankeyf), gdzie przebywał Al-Mu’azzam, wysłano posłańców z wiadomością, by ten jak najszybciej przybył do Egiptu. W tym samym czasie odpierano ataki krzyżowców i w dniu 9 lutego 1250 roku Fachr ad-Din poległ w walce z nimi. Nie mianowano nowego głównodowodzącego i obok skarbu, który Szadżar ad-Durr już kontrolowała, przejęła ona teraz także zarząd nad sprawami wojskowymi.