Zakłady Naukowe – funkcjonujące dziś pod nazwą Zespołu Szkół w Szczekocinach – stanowiły projekt nowoczesnej szkoły na wsi jako ważnego ośrodka edukacyjnego i kulturalnego zapewniającego młodzieży wysoki poziom kształcenia i zarazem możliwość twórczego kształtowania własnej okolicy. Z biegiem czasu pracę w Szczekocinach zaczęły utrudniać Czerneckiemu podejrzenia Urzędu Bezpieczeństwa. Zrezygnował on więc ze stanowiska dyrektora i w 1950 roku objął stanowisko kuratora okręgu szkolnego w Zielonej Górze. W 1952 roku Czernecki otrzymał od Ministra Oświaty tytuł docenta kontraktowego i stanowisko prorektora Państwowej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku. Kolejnym przystankiem Czerneckiego była Warszawa, gdzie otrzymał on stanowisko dyrektora Studium Nauczycielskiego dla Pracujących. Po trzech latach rozpoczął również pracę dyrektora w Centralnej Dyrekcji Kursów. W latach 1974–1980 prowadził wykłady z historii filozofii na Politechnice Warszawskiej. W stolicy pozostał do śmierci.
Rodzina Żoną Romana Czerneckiego była Janina z domu Lickendorf (1905–1990), nauczycielka języka niemieckiego. Mieli dwójkę dzieci, Irenę i Andrzeja Czerneckich.