W 1943 roku udało się także otworzyć w Słupi filię Uniwersytetu Jagiellońskiego z pięcioma grupami kierunkowymi: lekarską, filozoficzną, polonistyczną, rolniczą oraz ekonomiczno-prawniczą. Podczas wojny siatką tajnego nauczania kierowaną przez Romana Czerneckiego zostało objętych około 938 uczniów, z których 98 złożyło egzamin dojrzałości. Na kursach uniwersyteckich studiowało natomiast 49 młodych ludzi. Przez cały czas trwania okupacji Roman Czernecki, sam będąc członkiem ZWZ, a potem AK (pseudonim „Wrzos”), pozostawał w ścisłym kontakcie z dowódcami okolicznych oddziałów Armii Krajowej, Batalionów Chłopskich i Armii Ludowej, które zapewniały ochronę uczestnikom tajnych kompletów. Dzięki działaniom wywiadowczym udało się uniknąć dekonspiracji i w ten sposób jeden z największych systemów tajnego nauczania na polskiej wsi przetrwał do roku 1945.
Działalność pedagogiczna w PRL-u Po II wojnie światowej Roman Czernecki kontynuował działalność pedagogiczną. Już w 1945 roku rozpoczął realizację imponującego projektu zorganizowania pierwszej bezpłatnej szkoły chłopskiej wraz z internatem w zniszczonym pałacu w Szczekocinach.