Марк Помпо́ній Руф (; V—IV століття до н. е.) — політичний, державний та військовий діяч Римської республіки, військовий трибун з консульською владою 399 року до н. е.
Біографія Походив з плебейського роду Помпоніїв. Про батьків, дитячі роки відомостей не збереглося.
У 399 році до н. е. його було обрано військовим трибуном з консульською владою разом з Гнеєм Генуцієм Авгуріном, Марком Ветурієм Крассом Цікуріном, Луцієм Атілієм Пріском, Гнеєм Дуілієм Лонгом, Волероном Публілієм Філоном. На цій посаді разом із колегами боровся проти моровиці невідомої хвороби в Римі. Тривала війна проти міста Вейї, римські війська розбили племена фалісків та капенців з району Капена, що прийшли на допомогу Вейї. Про безпосередні дії Марка Помпонія під час цієї каденції джерела не наводять.
З того часу про подальшу долю Марка Помпонія Руфа згадок немає.
Джерела Тит Лівій, Ab urbe condita, V, 13, 9-13. Діодор Сицилійський, Bibliotheca Historica, XIV, 54.