Република Естонија је смештена у источном делу балтичког басена, на прелазу из источне у северну Европу. Обухвата територију површине 45.228 km² и по том параметру налази се на 32. месту међу европским државама, односно на 132. месту у светским оквирима. Естонији припадају и територијалне воде Балтичког мора на удаљености од 12 наутичких миља од обале (22,2 km).
Најсевернија тачка Естонија лежи на северној обали острва Вајндло на координатама , док је најсевернија тачка континенталног дела полуострво Пурекари на . Најјужнија тачка је код села Наха на летонској граници, на координатама . Западни екстрем налази се на острву Нотама на (у континенталном делу то је рт Рамзи на ), док је најисточнија тачка источно од града Нарве на . Највећа удаљеност између два локалитета крећучи се друмом износи око 400 km. Већина острва се налази у близини континенталног дела земље, а најудаљеније је острво Рухну у Ришком заливу које је од копна удаљено 65 km.
На северу и истоку Естонија излази на обале Балтичког мора, односно на његове заливе, Фински на северу и Ришки на југозападу. Фински залив раздваја Естонију од Финске Уудаљеност између Хелсинкија и Талина износи свега 87 km), док је централни део Балтичког мора раздваја од Шведске. Укупна дужина естонске обале, укључујући и обале балтичких острва, је 2.551 km. Естонија има копнене границе на југу и истоку, у укупној дужини од 657 km. На југу се граничи са Летонијом у дужини од 333 km, док је на истоку граница са Руском Федерацијом, односно њеним областима Псковском и Лењинградском, у дужини од 324 km. Највећи део државне границе са Русијом има природни карактер и протеже се акваторијом Чудско-псковског језера и реком Нарвом, док је једина копнена граница на подручју Печорског рејона Псковске области. Власти Естоније сматрају Печорски рејон (територија површине 1.251 km²) делом своје територије под привременом окупацијом Русије.
Геологија мини|лево|250п|Кречњачке формације уз северну естонску обалу Највећи део естонске територије граде палеозојске седименте стене прекривене нешто тањим квартарним наслагама. Палеозојске стене избијају на површину једино у приобалним подручјима и језерско-речним депресијама, на местима где је ерозија оголила површински квартарни слој. Северна обала у својој основи изграђена је од кречњачких стена и подложна је интентивној абразији. Депресије у централном делу земље настале су на контакту тврђих силурских кречњака са мекшим девонским пешчарима. Пре око 350 милиона година, крајем девона, дошло је до коначног повлачења мора са садашњег естонског копна. Море је за собом оставило песковити плато који се протеже од Финске на северу до Леоније на југу, те од Русије до Шведске. Интензивна ерозија површинских централних делова Естоније и обала Финског залива започела је пре око 65 милиона година (почетком кенозоика) и трајала је све до последње плеистоцене глације (пре око 2 милиона година). У то време Северноестонски клинт је имао висину и до 150 m и раздвајао је северне делове кречњачког платоа од депресија којима су текле реке на подручју данашњег Финског залива.
Савремени рељеф Естоније последица је деловања плеистоцених ледника. Пре око 12.000 година готово већина савремене естонске територије била је прекривена моћним леденим наслагама залеђеног Балтичког језера. Северна и западна обала Естоније је пре око 7.000 година била под водама тадашњег Литориновог мора (претходника савременог Балтичког мора). Лед који се на крају плеистоцене глацијације постепено повлачио ка северу са собом је носио знатне количине финих глина и песака са виших подручја и таложио их у низијским подручјима уз обалу. Плеистоцена глацијација је тако у потпуности изменила рељеф тог подручја. У односу на преглацијални период ниво мора је порастао за више од 100 m и вода је прекрилаје значајна подручја која су раније била на сувом. Након топљења моћних ледених наслага тло се ослободило притиска, што је довело до постепеног издизања нивоа копна, а процес издизања и данас је уочљив у северозападном делу земље где се на годишњем нивоу тло диже за 2−3 милиметра. Издизање за последицу има повећање копнене масе, а уз обалу се формирају бројна нова острвца и хриди.
Површинске квартарне наслаге формирале су се током и после последњег глацијалног процеса. Просечна дебљина глацијалних седимената на платоима северне и централне Естоније је од 2 до 3 метра, док је у јужним деловима 5−10 m. Кречњачки платои на којима је приметно одсуство квартарних седимената − или су ти седименти пак јако танки (свега неколико центиметара) − називају се алвари. Максимална дебљина квартарних седимената, која достиже и до 100 m, приметна је у древним долинама и акумулационим моренским побрђима на крајњем југу и југоистоку.
Значајан утицај на развој савременог рељефа у низијским подручјима одиграле су бројне тресаве. Прва тресетишта у Естонији настала су пре око 8.000 година, а најинтензивнији процес настанка тресета у мочварама одиграо се током последње две хиљаде година. Ниске тресаве данас прекривају око петине естонске територије.
Северни део Естоније је сеизмчки активно подручје, а трусови, иако ретки, нису неуобичајена појава. Најјачи земљотрес који је погодио ову земљу десио се 25. октобра 1976. са епицентром у мору недалеко од северне обале острва Осмусар. Хипоцентар труса се налазио на дубини од 10−13 km, а магнитуда у хипоцентру износила је 4,7 степени рихтерове скале. Земљотрес је изазвао мања оштећења на старијим објектима, а на неким местима је дошло и до мањег урушавања стена уз обалу. Био је то званично најјачи земљотрес икада у Естонији.
Рељеф мини|десно|250п|Водопад Валасте Естонија обухвата северозападни део простране Источноевропске равнице и њеним рељефом доминира ниско и равно земљиште и мања узвишења моренског порекла местимично испресецана речним долинама и ујезереним депресијама. Просечна надморска висина је око 50 m и постепено расте идући од балтичких обала ка унутрашњости. Највиша тачка је брдо Сур Мунамаги () на крајњем југоистоку земље, на побрђу Ханја , које са надморском висином од 318 m уједно представља и највишу тачку источне балтичке регије.
Побрђа заузимају углавном централне, јужне и југоисточне делове земље, а њихове основе су углавном на надморским висинама од 75 до 100 m. Побрђа су обично међусобно раздвојена дубоким депресијама којима пролазе речни токови. У зависности од деловања спољашњих сила на рељеф виших делова, естонска побрђа, у основи моренског порекла, деле се на акумулативна и ерозивна. Ерозивна побрђа су углавном доста заравњена, а њихова стеновита основа је прекривена релативно танким слојем квартарних стена. Два најтипичнија ерозивна побрђа у Естонији су Пандивере у централном делу (највиши врх је Емумаги на 166 m) и Сакала (са највишим врхом Руту на 146 m) у јужном делу земље. Акумулативна побрђа знатно су виша, рашчлањенија и такође су прекривени нешто моћнијим квартарним седиментима. Три најзначајнија побрђа акумулативног типа су Ханја на југоистоку (где се налази и највиша тачка у земљи, брдо Сур Мунамаги са 318 m висине), на северозападу је побрђе Отепа (, највиша тачка је брдо Куце са 217 m), те Карула на југу (са највишом тачком Ребесејарве Торнимаги на 137 m). Виша подручја су још и друмлини Садјарве () са висином од 144 метра, Западносаремско побрђе (54 метра) и побрђе Јихви (-{Jõhvi}-; 81 метар).
У виша подручја убрајају се и леднички платои који се налазе у северном делу земље, а најупечатљивији су платои Харју и Виру. Оба платоа су од обале Финског залива одвојена стрмом ескарпом балтичког клифа (или глинта) и леже на надморским висинама између 30 и 70 m. Равна и једнолична површина платоа је местимично пресечена речним долинама и крашким удубљењима. Плато Харју је услед интензивне ерозије рашчлањен на неколико мањих платоа (Томпеа и Вијмси код Талина и архипелаг Пакри). С друге стране природни рељеф платоа Виру је модификован вештачким путем услед експлоатације уљних шкриљаца, одлагања јаловине и пепела. У јужном делу налази се плато Уганди (висине 40−100 m) изграђен од пешчара и рашчлањен древним долинама. Нешто виша подручја су и Средњоестонска равница (60−80 m) и Корвема (-{Kõrvemaa}-; 50−90 m висине)
Низијска подручја распрострањена су уз обале Балтичког мора, Чудско-псковског језера и језера Вирцјарв (-{Võrtsjärv}-). Надморска висина је ту испод 50 m, а терен је често плављен. Низије заузимају око половине естонске територије, а најпространије се налазе у северозападним и западним деловима земље. Највеће низијско подручје је Западноестонска низија која представља ниско и замочварено подручје са ког се местимично издижу кречњачка узвишења висине до 20 m (Кирбла, Михкли Салумаги, Салевере Салумаги и други). Јужније уз обале Ришког залива је Парнска низија, такође мочварно подручје у чијој основи се налазе девонски пешчари. Од мора је одвојена високим пешчаним динама које се пружају уз обале Ришког залива.
Западноестонска низија се даље на западу наставља на острва западноестонског архипелага чијим рељефом доминирају ниска и равна подручја максималне висине до 20 m. Надморска висина на острвима постепено расте идући ка западу, а посебно долази до изражаја на западу Сареме и на полуострву Сирве на Хијуми. Дуж северне обале Сареме и острва Муху протеђе се до 21 метра високи Панга клиф.
Већим делом северне обале простире се уска Северноестонска приобална равница, стешњена између вода Финског залива на северу и Балтичког клинта на југу. Ширина овог подручја варира од неколико метара до двадесетак километара, и на том делу обале налазе се бројна мања полуострва, заливи и острва. Уз северне и западне обале Чудско-псковског језера (на естонском се то језеро назива Пејпси) такође се налазе ниске и мочварне равнице, а исти карактер има и депресија уз језеро Вирцјарв (Вирцјарвска низија, у јужном делу земље). Уз северну обалу Чудског језера је низија Алутагусе, док је западно Пејпска приобална низија.
Депресије и долине такође представљају значајне облике рељефа у јужном делу земље и стешњене су између нешто виших побрђа која међусобно раздвајају. Долина реке Валге (висина 40−80 m) раздваја побрђе Сакала са једне од Каруле и Отепа са друге стране. Долина Валге на североистоку се наставља на долину Вајке-Емајоги која се даље пружа све до Псковског језера. Између Ханје и Каруле се налазе долине Виру и Харгла (висине 70−100 m).
Балтички клинт који се простире уз северну обалу Естоније представља једну од најдужих ерозивних ескарпи у целој северној Европи (простире се од Оландских острва до језера Ладога). У северозападним и североисточним деловима Балтички клинт има карактер ерозивног клифа и излази на обале Финског залива. Највиши део Естонског клифа налази се код Онтике и висок је 56 m.
Балтичка обала и острва мини|десно|250п|Стара традицонална кућа на острву Абрука мини|десно|250п|Поглед из авиона на острва Пакри На северу и западу Естонија излази на обале Балтичког мора, односно на обале његових залива, Финског на северу и Ришког на југозападу. Укупна дужина морских обала континенталног дела Естоније је 1.242 km, а рачунајући и острва естонска балтичка обала дугачка је 2.551 km. Најдужу обалу међу острвима има острво Сарема са 854 km.