SBGN () — это язык графического представления элементов биологических систем и взаимодействий между ними, разработанная группой биохимиков, молекулярных биологов и биоинформатиков.
История
Первые работы по созданию непротиворечивой и исчерпывающей системы, описывающей взаимодействия элементов биологических систем, провел Курт Кон (Kurt Kohn) в Национальном Институте Рака (NCI)Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Molecular interaction maps of bioregulatory networks: a general rubric for systems biology. Mol Biol Cell (2006) doi:10.1091/mbc.E05-09-0824. Консорциум специалистов для разработки стандарта SBGN был создан Хироаки Китано (Hiroaki Kitano), директором Токийского Института Системной Биологии, в 2005 году.
Спецификация SBGN Process Description, переименованного впоследствии в Process Diagrams, была выпущена 23 Августа 2008 года. Изменения и исправления к спецификации опубликованы 1 сентября 2009 года. Спецификация SBGN Entity relationship была опубликована первого сентября 2009 года одновременно с первой спецификацией SBGN Activity Flow.
Виды диаграмм
Спецификация языка SBGN описывает три типа диаграмм: Диаграмма процессов (Process Descriptions, PD) Диаграмма взаимодействий (Entity Relationships, ER) Диаграмма потоков деятельности (Activity Flows, AF)
Используя эти три диаграммы биологи могут недвусмысленно представлять графически знания о структуре взаимодействий в биологической системе. При разработке стандартов большое внимание было уделено созданию ограниченного набора графических элементов (алфавита) со строго определённой семантикой. Ограниченность графического алфавита и простая грамматика делают SBGN простым и удобным, пригодным не только для научных публикаций, но и для использования в книгах и учебных пособиях.
Диаграмма процессов представляет биологическую систему как сеть взаимосвязанных и организованных во времени процессовLe Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Systems Biology Graphical Notation: Process Diagram Level 1. Nature Precedings (2008) doi:10101/npre.2008.2320.1 Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3721.1 .
Диаграмма взаимодействий представляет биологическую систему в виде набора парных взаимодействий без учёта их организации во времени. Основной причиной создания этой диаграммы была необходимость преодоления эффекта, так называемого, комбинаторного взрыва. Системы описываемые SBGN-ER представляются как наборы правил, описывающих влияние элементов системы на взаимодействия внутри системыLe Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3719.1 .
Диаграмма потоков деятельности, в отличие от двух предыдущих, описывает систему не как совокупность физических агентов, молекулярных пулов (SBGN-PD) или отдельных агентов (SBGN-ER), а как поток информации между различными биохимическим активностями. Активность может быть реализована разными биологическими агентами (например разными ферментами имеющими общий EC номер), а также один агент может принимать участие в реализации нескольких биологических активностей (функций)Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3724.1 .
Программные продукты, поддерживающие стандарты SBGN (главным образом SBGN-PD) уже доступны.
См. также UML
Ссылки Официальный сайт sbgn.org
Примечания
Категория:Биоинформатика Категория:Нотации Категория:Языки спецификаций Категория:Моделирование