Николай Александрович Морозов написал три больших сочинения на стыке предметных областей истории культуры и естествознания: «» (1907), «Пророки» (1914) и 7-томный «Христос» (1924—1932), в которых попытался представить библейские тексты как отражение реальных астрономических наблюдений раннесредневековых астрономов-христиан и сформулировал теорию тотальной фальсификации человеческой истории («античность — это средневековье»), сильно повлиявшую на взгляды представителей «Новой хронологии». Эти сочинения сразу после публикации вызвали резко отрицательные рецензии профессиональных философов, историков и астрономов: В. Эрна, Н. Никольского, А. Рановича, А. Мишулина, Н. Идельсона. «Откровение в грозе и буре», опубликованное в США в 1940—1941 годах в виде реферата, подверглось критике американского астронома Николая Бобровникова. Исследователи разных специальностей причисляют теорию Морозова к псевдонауке. Интерес к «историологическим» воззрениям Н. А. Морозова был в 1970-е годы возрождён математиком Московского университета М. М. Постниковым и вслед за ним A. T. Фоменко и некоторыми их коллегами.

Историко-философское мышление Н. А. Морозова Для мышления Николая Морозова, сформированного в Шлиссельбургской крепости, был характерен монологизм, изначально вызванный недостатком общения, это накладывалось на желание расправиться со «старой» наукой, так же, как революционер собирался покончить с отжившим своё царским режимом на фоне убеждённости в своей правоте, доходящей до фанатизма. Естественнонаучный позитивизм и рационализм у Морозова сочетались с пантеистическим мистицизмом антихристианского толка. Поскольку интерес к этим сферам духовной жизни проявляли Ф. Э. Дзержинский и А. В. Луначарский, не приходится удивляться изданию морозовских сочинений в СССР. Разоблачения Морозовым христианства и связанной с ним историографии, были созвучны поискам «нового религиозного сознания». С. Я. Лурье связывал гиперкритицизм Морозова со временем его становления как мыслителя. Кризис исторической науки того времени совпал со множеством разоблачений древних и средневековых поддельных текстов, многие из которых сохранялись в монастырях. По воспоминаниям Морозова, он уже в гимназии стал противопоставлять свои взгляды господствовавшим монархическим и церковным доктринам. Историки Н. А. Сайнаков и И. А. Яблоков считают, что нехватка академического признания, нереализованные амбиции, а, с другой стороны, высокая самооценка и высокая оценка его способностей окружающими, способствовали формированию маргинальной идентичности Морозова. По их мнению, такое положение подталкивало его и к революционному экстремизму, и к ревизии мировой истории, и к разоблачению одной из главных христианских мифологем: «научное доказательство, что Христа никогда не было, делало Морозова мессией, человеком, якобы, спасающим общество от религиозного мракобесия». В то же время, как отмечает историк В. А. Твардовская, книги богословского содержания, которые он получал в первые годы заключения, предоставили ему серьёзный материал для обдумывания и рациональной разработки своих идей. (Именно в заключении Морозов приступил к работе над рукописью, которая стала основой его будущей книги «Христос».) По мнению Твардовской, «религиозная литература не изменила материалистических, атеистических взглядов Морозова, но заставила его задуматься о совпадающих с заповедями Христа принципах общечеловеческой морали как о социальных ориентирах, помогающих человечеству двигаться вперед».

Знакомства Морозова с К. Циолковским и А. Чижевским не привели к корректировке его личных взглядов. Согласно Н. Морозову, жизнь представляет собой результат эволюции Вселенной, эволюция жизни — продолжение эволюции материи. Вершиной эволюции является человеческий разум. Иными словами, система Морозова была архаична, восходя к ренессансному антропоцентризму. В этом плане характерен смысл, который Морозов вкладывал в свой главный труд: согласно Николаю Александровичу, «Христос» означает «посвящённый», «магистр оккультных наук». Это также указывает на тесную взаимосвязь философии истории Морозова и его опровержения традиционного христианства. Историком, как таковым, он не являлся ни по кругу интересов, ни по основной сфере интеллектуальной деятельности (физика, химия, математика). К собственно историческим проблемам (под которыми понимал в первую очередь летоисчисление) он пришёл, занимаясь теологическими вопросами, а именно, астрономической экзегезой Апокалипсиса, о чём писал матери из Шлиссельбурга 13 марта 1904 года. Примечательно, что его равно занимали вопросы всемирной и русской истории. К последней он пришёл через чтение Четий-Миней. В этом контексте А. В. Малинов обращал внимание на множественность совпадений источниковедческой концепции Морозова с программной статьёй С. С. Уварова «Подвигается ли вперёд историческая достоверность?», опубликованной дважды в 1850 году в «Современнике» и «Москвитянине». Можно утверждать, что Морозов развивал основные подходы и мотивы, высказанные Уваровым, причём, при совпадении логики и хода мыслей, выводы были прямо противоположными. С. Уваров в своей статье постулировал сомнительность сведений, полученных о древней истории. Однако, если для бывшего министра история — предмет веры, то Морозов, признавая условность картины древней истории, приступил к поискам методов аналитической проверки фактов далёкого прошлого. Совпадали Уваров и Морозов в формуле: «История имела у древних одно общее происхождение с религией и поэзией». В своём труде об истории России (публиковавшемся в 2000 и 2007 годах), Н. А. Морозов сделал объектом своей критики клерикальную историографию, причём, как и Уваров, признавал XV век поворотной эпохой.

Для народника Морозова принципиально важно то, что человек может стремиться не только к истине, но и к её сознательному искажению. Абсолютизация им естественных факторов, особенно астрономических и метеорологических явлений, позволяла провести деидеологизацию истории (в русле равно позитивизма и политического радикализма), то есть отвергать исторические факты. Морозов радикализировал позитивистскую версию философии народничества П. Л. Лаврова, соединив борьбу с предрассудками в духе процедур «подозрения» К. Маркса и З. Фрейда с механико-детерминистским подходом, в котором главная роль принадлежала астрономии: при ограниченном количестве параметров можно делать выводы об общем состоянии системы. По мнению историка Г. А. Елисеева, концепция Морозова была более радикальной и тотальной, чем советская тоталитарная версия истории, в которой сочетались марксизм и более традиционная историография: отрицая возможность извлечения достоверных фактов из источников, Морозов либо заявлял о фальшивости источника, либо «уничтожал» факты через отождествление различных исторических событий (при втором варианте источник объявлялся оккультным). Тезис о взаимосвязанности повторяющихся имён и событий стал его навязчивой идей: поскольку он плохо понимал особенности исторических источников, то пришел к выводу, что речь идет об одном и том же событии, которое постоянно повторяется. Выявляя мистификации в истории, Морозов задавался вопросами: «Кому выгодна та или иная интерпретация истории? Чьи интересы отражает традиционная историография?».

В результате Морозов приходит к идее тотальной фальсифицированности истории. Факты устраняются или как несоответствующие астрономическим вычислениям, или отождествляются с другими фактами, или отвергается сам источник, повествующий о факте. История утрачивает фактографическую базу. Она рассматривается как область предрассудков, а не истины. Смысл и истина принадлежат современности, настоящему времени. <…> «Нигилизм» точнее всего характеризует то направление, к которому примыкал Морозов… Для нигилистического сознания действительным признается только сущее, доступное чувственному восприятию и отрицающее любые авторитеты и традиции.

Позитивная часть программы Морозова включала осознание ценностей более значительного масштаба — Вселенной и сознание своей сознаваемости. Человек вновь обретал ценностное измерение, но не в статусе создания Творца, а как венец эволюции Вселенной. При этом ценностная часть философии Морозова с историей не соприкасалась, поскольку история для него означала диктат традиции и авторитета и требовала дальнейшего опровержения.

Историки Н. А. Сайнаков и И. А. Яблоков сопоставляют историософские взгляды Морозова с воззрениями его последователя A. T. Фоменко и связывают их с теориями заговора, представлявших образ Запад как врага России. Как полагают исследователи, Морозов, ввиду политических обстоятельств, не мог четко выразить этот тезис, изложить законченную теорию заговора ― он ограничился её общим наброском в духе антизападных умонастроений российской интеллигенции; эта версия совпадала с современными Морозову идеями евразийцев. Историки предполагают, что, поскольку автор был убежден в своей правоте, он в принципе мог прийти к выводу Фоменко о заговоре историков (если бы те более активно критиковали его концепцию). Историк русской философии А. Малинов, напротив, пишет о радикальном западничестве Морозова, в чём тот сближался с Чаадаевым, считая, что в Азию культура распространялась из Европы.

Сам Морозов так писал о своём исследовании: «Основная задача этой моей большой работы была: согласовать исторические науки с естествознанием и обнаружить общие законы психического развития человечества на основе эволюции его материальной культуры, в основе которой, в свою очередь, лежит постепенное усовершенствование орудий умственной и физической деятельности людей» .

«Откровение в грозе и буре» и «Пророки»

Первое публичное выступление Николая Александровича Морозова на тему истории возникновения Апокалипсиса состоялось в октябре 1906 года в Религиозно-философском обществе памяти В. Соловьева и было опубликовано в том же году в №11 «Богословского вестника». 12 декабря того же года он представил доклад «Апокалипсис с астрономической точки зрения» на заседании физического отделения Русского физико‑химического общества, текст опубликован в журнале «Вестник знания» (1907, № 2). Однако свою первую новохронологическую книгу «Откровение в грозе и буре. История возникновения Апокалипсиса» весной 1907 года Морозову пришлось публиковать за собственный счёт, получив перед тем негативный отзыв о рукописи со стороны коллеги по Шлиссельбургу Германа Лопатина. Тем не менее книга распродавалась и до 1910 года выдержала ещё два издания, была переведена на эстонский, польский и немецкий языки. Её содержание сводилось к тому, что символы Откровения Иоанна Богослова (кони и всадники) Морозов отождествил с небесными явлениями: кони — планеты, всадники — созвездия. Николай Александрович вычислил, что такое расположение планет можно было наблюдать с острова Патмос только в ночь на 30 сентября 395 года. Из этого следовало, что Апокалипсис был создан в IV веке, а не в первом, и его автором являлся не евангелист Иоанн, а знаменитый проповедник Иоанн Златоуст. Дальнейшие умозаключения привели Морозова к идее, что Иисус Христос на самом деле был Василием Великим, архиепископом Кесарийским, современником Иоанна Златоуста, и был распят («столбован») 20 марта 368 года. Астроном В. А. Бронштэн обратил внимание, что по сообщению Евангелия от Луки во время казни Иисуса наступило солнечное затмение. Однако можно рассчитать, что в день 14 нисана (3 апреля 33 года н. э. — традиционная дата распятия) было полнолуние, а значит, солнечное затмение было невозможно, зато было возможно затмение лунное. Действительно, в этот день в Иерусалиме можно было наблюдать полное лунное затмение. Эта дата, однако, Морозова категорически не устраивала.