A Igreja Católica no Peru é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. Na questão da liberdade religiosa, o país tem boa avaliação da Fundação ACN, porém com as ressalvas da crise política que o país vem enfrentando. Apesar de não ser a religião estatal, a constituição peruana "reconhece a Igreja Católica como um elemento importante na formação histórica, cultural e moral do Peru, e disponibiliza a sua colaboração à Igreja". Uma concordata entre o Peru e a Santa Sé concede total independência, autonomia e reconhecimento legal à Igreja peruana, e prevê subsídios do governo, além da disponibilização de isenções fiscais. Ainda assim, o Estado respeita outras religiões e também pode estabelecer formas de colaboração com elas.
História Colonização thumb|left|200px|Fundação de Lima por Francisco Pizarro. Em 1532, o conquistador espanhol do atual território peruano, Francisco Pizarro, que liderava um grupo de cerca de 200 pessoas, derrotou o imperador inca Atahualpa. Dez anos depois, o Vice-Reino do Peru é criado e governado a partir da recém-fundada Lima. O catolicismo foi introduzido pelo clero regular no mesmo ritmo da conquista e, em 1550, as ordens dos dominicanos, franciscanos, mercedários, agostinianos e jesuítas operavam a todo vapor no Peru. Os incas continuaram a repudiar a ação de conquista espanhola, e organizaram rebeliões em grande escala até 1814, todas sem sucesso. Embora a Igreja tenha sido ajudada pela Espanha em seu trabalho de evangelização, existiam vários obstáculos em uma vasta área que até então abrigava três milhões de habitantes. Alterar os costumes e rituais tribais da religião inca, era relativamente fácil de se realizar nas crianças, porém extremamente difícil para os adultos, nos quais tais costumes estavam profundamente enraizados. O grande número de línguas ameríndias desconhecidas dificultava a comunicação da doutrina católica, pois a assimilação de uma dessas línguas não facilitava o aprendizado das outras. Por fim, a região sofria de escassez de padres, o que obrigou os missionários a obter a ajuda de nativos de língua espanhola, chamados alguaciles ou fiscais da doutrina. Esses indivíduos ajudavam os padres, conduzindo as repetições do catecismo e cuidando da gestão de suas paróquias. A partir de 1570, começou-se a se formar assentamentos de convertidos nativos, de onde operavam os doutrineiros ou padres rurais, que criavam centros missionários e os visitavam de acordo com a necessidade.
Após evangelizados, os convertidos recebiam a proteção da ordem e a garantia de instrução, especialmente dos dominicanos e jesuítas. Apenas os dominicanos abriram 60 escolas em 1548. A Universidade de São Marcos, em Lima, foi criada em 1551. Os jesutas dirigiram os colégios de San Martín em Lima, São Bernardo em Cusco, a Universidade de Santo Inácio de Loyola em Cuzco, escolas para filhos de caciques das regiões de Lima e Cuzco e escolas em Juli. Além disso, as ordens dividiram entre si o território peruano para facilitar a evangelização. No final dos anos 1500, os dominicanos haviam fundado 22 conventos; os mercedários, 13 conventos, os franciscanos, 22; os agostinianos, 13; e os jesuítas, além de já terem se instalado em Lima, Arequipa e Cusco, se encarregaram de Huarochirí e Juli. Ainda com tantos desafios à evangelização, jesuítas e franciscanos continuaram a destacar-se nas regiões do Rio Maranhão, Ucaiáli e em regiões que hoje pertencem à Bolívia. Os jesuítas fundaram missões prósperas nas áreas dos rios Morona, Santiago e Chinchipe; infelizmente, essas missões se desintegraram quando os jesuítas foram expulsos da América do Sul depois de 1767. Os franciscanos projetaram seu trabalho sobre o Distrito de Irazola. No início do século XIX eles se estabeleceram nas remotas cabeceiras dos rios Javari, Juruá e Purus. No século XVII, novas ordens masculinas e femininas entraram no Peru, entre elas os beneditinos, os hospitalários, os padres mínimos, os betlemitas e os oratorianos. No século seguinte chegaram também os camilianos. Especialmente as hospitaleiras e betlemitas tiveram rápido crescimento e assumiram o controle de diversos hospitais em Lima, Cusco, Ayacucho, Huancavelica, Cajamarca, Trujillo, Chachapoyas e Piúra.
thumb|200px|right|Catedral de Cusco, sede da atual arquidiocese, a primeira circunscrição católica a ser criada no Peru.
Inicialmente, a Igreja peruana foi submetida à Arquidiocese de Sevilha, mas em 1529 a primeira sé foi erigida. Em 1537 foi a vez da Diocese de Cusco ser criada, tendo como primeiro bispo o dominicano Vicente de Valverde. A Diocese de Lima surgiu em 1541 e foi elevada a arquidiocese pelo Papa Paulo III apenas cinco anos depois. Em 1559, o arcebispo de Lima, Jerónimo de Loayza, fundou alguns hospitais para os ameríndios, outro para negros, um para os padres e um para órfãos. Além disso, a Igreja Católica fundou escolas para crianças de todas as raças. O Terceiro Concílio de Lima, realizado entre 1582 e 1583, teve como uma de suas principais discussões a conversão dos nativos, tornando obrigatório o conhecimento de suas línguas, tolerando-se até mesmo intérpretes para as confissões. Além disso, o concílio adotou um único catecismo e confessionário nas línguas quíchua e aimará. Era comum que os crioulos brancos nascidos no Peru fossem ordenados sacerdotes, o que fez com que logo os clérigos nativos superassem os nascidos na Europa. A partir de 1588, os mestiços ameríndios também passaram a ser ordenados; essa demora na permissão de ordenar os índios convertidos se justifica que, por serem novos na fé e terem pouca ou nenhuma familiaridade com a cultura ocidental, é compreensível que os primeiros concílios tenham-nos impedido de entrarem para os seminários imediatamente. No entanto, à medida que os índios convertidos se adaptavam aos costumes cristãos e adquiriam as habilidades necessárias, não havia razão para mantê-los longe do altar. Entre os primeiros ameríndios admitidos nas ordens estavam Francisco de San Antonio, que entrou para a ordem dominicana. Até mesmo o Rei Carlos III emitiu um decreto em 1769 encorajando os prelados a admitir ameríndios ou mestiços nos seminários para que seus compatriotas se fortalecessem na fé. Contudo, poucos fizeram uso deste privilégio, e as vocações nativas apareceram gradualmente, voltando a aumentar nos tempos modernos. No final do século XVII foi aberta uma casa religiosa para as mulheres indígenas: o Beatério de Copacabana em Lima, sob a direção da Ordem da Conceição da Bem-Aventurada Virgem Maria.
Erigida em 1802, a Diocese de Maynas abrangia toda a região amazônica e as missões tribais, nas quais havia grande quantidade de recém-convertidos
Independência thumb|right|200px|José de San Martín, responsável pela declaração de independência do Peru. Seguindo a tendência de outros países sul-americanos, o clero crioulo peruano tinha simpatia com a causa da independência, e rivalizando-os com as autoridades espanholas, tanto civis como eclesiásticas, e que tentavam em vão combater. Monarquistas tentavam conquistar os líderes da Igreja, percebendo o poder e a influência que ela tinha na sociedade, e que, de certa forma, ela era obrigada a manter sua fidelidade ao rei, devido à política do padroado. A independência se deu em 1821, proclamada por José de San Martín, após ter invadido a cidade de Lima. Sob a ditadura de Simón Bolívar, o Peru entrou brevemente na aliança da Grã-Colômbia, porém esta foi dissolvida em 1830. A guerra civil levou Ramón Castilla à presidência, que acabou com a escravidão no Peru e nacionalizou a educação. A independência também causou uma crise temporária de liderança da Igreja peruana, pois os bispos nascidos na Espanha deixaram o país, já que haviam feito um juramento de lealdade à coroa espanhola. Entre 1821 e 1835 não houve arcebispo residente em Lima. A crise foi sendo resolvida de maneira gradual, à medida que o Congresso nomeou bispos reconhecidos por Roma. Um grande número de padres altamente qualificados e de espectro político progressista ajudaram a Igreja a sobreviver ao período imediato pós-independência e a estabelecer as relações entre Igreja e Estado. Um total de 33 padres serviram como membros do primeiro Congresso que fez do catolicismo a religião oficial do Estado.
O patrimônio da Igreja permitiu sua existência de forma tranquila até o início do século XIX, e ia aumentando lentamente porque os monarcas cumpriram seu dever de colocar à disposição da Igreja os dízimos-rendas concedidos pela Santa Sé, além de contribuições voluntárias de fiéis. Na década de 1830, com a guerra civil, causou o empobrecimento da Igreja, por quantias exigidas alternadamente pelas facções políticas, uma vez que muitas propriedades e tesouros foram consumidos na luta. Tesouros e posses da Igreja foram confiscados. A situação piorava à medida que a economia afundava no final do século, e foram aprovadas leis que levaram à supressão de conventos, expropriação de suas propriedades, supressão de dízimos, administração das propriedades das irmandades, superiores não podiam realizar visitas canônicas às suas ordens, os religiosos foram divididos entre partidos políticos e muitos deixaram os claustros para se secularizarem. Por decreto de 1826, muitos conventos foram fechados e as cidades foram proibidas de ter mais de uma casa da mesma ordem. O governo, sem consultar a Santa Sé ou os ordinários, assumiu os locais de sede vacante e administrou mal as propriedades rurais, exceto em poucos casos que estas foram convertidas em instituições de ensino. Na ausência de um instrumento adequado, como uma concordata, uma bula assinada por Pio IX em 1874, estabelecendo alguns limites na ação do Estado, de forma temporária.
thumb|right|200px|Indígenas quíchuas no Festival da Assunção de Nossa Senhora no Distrito de Chinchaypujio.
Com a chegada do século XIX, a Igreja peruana passou a observar uma redução progressiva nas vocações sacerdotais. Embora os padres ainda fossem suficientes para servir as paróquias em 1850, a escassez de seminaristas já era evidente e as vagas eram difíceis de ser preenchidas. As causas eram variadas: a pobreza da Igreja obrigou os bispos a recusar candidatos que solicitavam bolsas; os conflitos civis, que atraíram muitos jovens para servir às forças armadas; o declínio da religiosidade cristã nas famílias; a abertura de institutos técnicos, escolas e escolas de arte e comércio, que atraíam os jovens para novas carreiras profissionais; e a legislação que aumentou a idade exigida para a profissão e que colocou outros impedimentos à entrada nos claustros. Mesm com a diminuição no número de vocações, havia crescentes comunidades de religiosos que dedicavam-se à caridade, ao ensino e ao bem-estar geral da população do Peru. As Irmãs do Sagrado Coração de Picpus dedicavam-se ao ensino, enquanto as Filhas da Caridade de São Vicente de Paulo assumiram o controle dos hospitais públicos de Lima e de outras cidades. Os redentoristas dedicavam-se ao estudo do quíchua; os jesuítas puderam voltar após sua supressão em toda a América Latina; e os salesianos também se espalharam pelo país, encarregando-se da educação de crianças necessitadas.
thumb|right|200px|Escadarias que levam ao alto do Cerro de Santa Apolônia, onde está localizada a capela Nossa Senhora de Fátima.