A bandeira intersexo foi criada em julho de 2013 por Morgan Carpenter da Intersex Human Rights Australia (então conhecida como Organização Intersexo International da Austrália) para criar uma bandeira "que não é derivada, mas ainda está firmemente enraizada no significado". O círculo é descrito como "ininterrupto e sem ornamentos, simbolizando totalidade e completude, e nossas potencialidades. Ainda lutamos pela autonomia corporal e integridade genital, e isso simboliza o direito de ser quem e como queremos ser”.
A organização a descreve como disponível gratuitamente "para uso por qualquer pessoa ou organização intersexual que deseje usá-la, em um contexto comunitário de afirmação dos direitos humanos".
Uso A bandeira tem sido utilizada por diversos meios de comunicação e organizações de direitos humanos.Senate Inquiry reveals forced surgery on intersex children , Gay News Network, 25 de setembro de 2013Intersex advocates address findings of Senate Committee into involuntary sterilisation , Gay News Network, 28 de outubro de 2013Stofna Intersex Ísland , Morgunblaðið, 26 de junho de 2014. Em junho de 2018, ativistas intersexo participaram do Orgulho do Canal de Utrecht, agitando a bandeira.
Em maio de 2018, a Nova Zelândia se tornou o primeiro país onde a bandeira intersexo foi hasteada fora do parlamento nacional.
Em 2021, foi criada por Valentino Vecchietti uma bandeira LGBT+ misturando a intersexo numa asna, lateral à esquerda, com cores preta e marrom, representando a luta por igualdade racial, e da bandeira trans, representando inclusão social no orgulho de outras minorias dentro da comunidade LGBT e simbolizando o progresso.
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