Software para alinhamento estrutural

Esta lista de software para alinhamento estrutural é uma compilação de ferramentas software e portais web utilizados em alinhamentos estruturais de pares ou múltiplos.

Lista de software para alinhamento estrutural

NOME Descrição Classe Tipo Flexível Ligação Autor Ano MAMMOTH MAtching Molecular Models Obtained from Theory Cα Par No servidor AR. Ortiz 2002 CE/CE-MC Combinatorial Extension -- Monte Carlo Cα Multi No servidor I. Shindyalov 2000 DaliLite Distance Matrix Alignment C-Map Par No servidor L. Holm 1993 VAST Vector Alignment Search Tool SSE Par --- servidor S. Bryant 1996 PrISM Protein Informatics Systems for Modeling SSE Multi --- servidor B. Honig 2000 SSAP Sequential Structure Alignment Program SSE Multi No servidor C. Orengo & W. Taylor 1989 SARF2 Spatial ARrangements of Backbone Fragments SSE Par --- servidor N. Alexandrov 1996 KENOBI/K2NA SSE Par --- servidor Z. Weng 2000 STAMPSTructural Alignment of Multiple Proteins Cα Multi No servidor R. Russell & G. Barton 1992 MASS Multiple Alignment by Secondary Structure SSE Multi --- servidor O. Dror & H. Wolfson 2003 SCALI Structural Core ALIgnment of proteins Seq Par --- servidor C. Bystroff 2004 DEJAVU NA SSE Par --- servidor GJ. Kleywegt 1997 SSM Secondary Structure Matching SSE Multi --- servidor E. Krissinel 2003 SHEBA Structural Homology by Environment-Based Alignment Seq Par --- servidor B. Lee 2000 LGA Local-Global Alignment Cα Par --- servidor A. Zemla 2003 POSA Partial Order Structure Alignment Cα Multi Sí servidor Y. Ye & A. Godzik 2005 PyMOL O comando "super" realiza alinhamento 3D independente da sequência Proteína Hybrid No sitio web W. L. DeLano 2007 FATCAT Flexible Structure AlignmenT by Chaining Aligned Fragment Pars Allowing Twists Cα Par Sí servidor Y. Ye & A. Godzik 2003 Matras MArkovian TRAnsition of protein Structure Cα & SSE Par --- NA K. Nishikawa 2000 MAMMOTH-mult MAMMOTH-based multiple structure alignment Cα Multi No servidor D. Lupyan 2005 Protein3Dfit NA C-Map Par --- servidor D. Schomburg 1994 PRIDE PRobaility of IDEntity Cα Par --- servidor S. Pongor 2002 FAST FAST Alignment and Search Tool Cα Par --- servidor J. Zhu 2004 C-BOP Coordinate-Based Organization of Proteins N/A Multi --- servidor E. Sandelin 2005 ProFit Protein least-squares Fitting Cα Multi --- servidor ACR. Martin 1996 TOPOFIT Alinhamento como superposição de volumes comuns em um ponto topomax Cα Par --- servidor VA. Ilyin 2004 MUSTANG MUltiple STructural AligNment AlGorithm Cα & C-Map Multi --- descargar A.S. Konagurthu et al. 2005 URMS Unit-vector RMSD Cα Par --- servidor K. Kedem 2003 LOCK Superposição hierárquica de estruturas de proteínas SSE Par No NA AP. Singh 1997 LOCK 2 Melhoras sobre LOCK SSE Par No descarregar J. Shapiro 2003 CBA Consistency Based Alignment SSE Multi --- descargar J. Ebert 2006 TetraDA Tetrahedral Decomposition Alignment SSE Multi Sí NA J. Roach 2005 STRAP STRucture based Alignment Program Cα Multi --- servidor C. Gille 2006 LOVOALIGN Low Order Value Optimization methods for Structural Alignment Cα Par --- servidor Andreani et al. 2006 GANGSTA Genetic Algorithm for Nonsequential and Gapped STructural Alignment SSE/C-Map Par --- servidor B. Kolbeck et al. 2006 TM-align TM-score based protein structure alignment Cα Par --- sitio web Y. Zhang & J. Skolnick 2005 MatAlign Comparação de estruturas de proteínas por Matrix Alignment C-Map Par --- sítio web Z. Aung & K.L. Tan 2006 Vorolign Alinhamentos de estrutura rápidos usando relações de Voronoi C-map Multi Sí servidor F. Birzele et al. 2007 EXPRESSO Alinhamentos múltiplos de estrutura rápidos usando T-Coffee e Sap Cα Multi --- sítio web C. Notredame et al. 2007 CAALIGN Alinhamento Cα Cα Multi --- sítio web T.J. Oldfield 2007 YAKUSA Coordenadas internas e algoritmo tipo BLAST Cα Par --- sítio web M. Carpentier et al. 2005 CLEMAPS Alinhamentos de alfabetos baseados em conformação Cα Multi --- NA W-M. Zheng 2007 TALI Torsion Angle ALIgnment Cα Par No NA X. Mioa 2006 MolCom NA Geometria Multi --- NA S.D. O'Hearn 2003 MALECON NA Geometria Multi --- NA S. Wodak 2004 FlexProt Flexible Alignment of Protein Structures Cα Par Sí servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2002 MultiProt Multiple Alignment of Protein Structures Geometria Multi Sí servidor M. Shatsky & H. Wolfson 2004 CTSS Alinhamentos de estrutura de proteínas usando características geométricas locais Geometria Par --- sítio web T. Can 2004 CURVE NA Geometria Multi No sítio web D. Zhi 2006 Matt Multiple Alignment with Translations and Twists Cα Multi Sí descarregar M. Menke 2008 TopMatch Alinhamentos de estruturas de proteínas e visualização de semelhanças estruturais Cα Par No servidor M. Sippl & M. Wiederstein 2008 SSGS Secondary Structure Guided Superimposition Ca Par No sítio web G. Wainreb et al. 2006 Matchprot Comparação de estruturas de proteínas por alinhamentos vizinhos crescentes Cα Par No servidor S. Bhattacharya et al. 2007 UCSF Chimera veja ferramenta MatchMaker e comando "matchmaker" Seq & SSE Multi No sítio web E. Meng et al. 2006 FLASH Fast aLignment Algorithm for finding Structural Homology of proteins SSE Par No NA E.S.C. Shih & M-J Hwang 2003 RAPIDO Rapid Alignment of Protein structures In the presence of Domain mOvements Cα Par Sí servidor R. Mosca & T.R. Schneider 2008 ComSubstruct Alinhamento estrutural baseado em codificação geométrica diferencial Geometria Par Sí sítio web N. Morikawa 2008

Códigos: Cα -- Alinhamento por átomo (Cα) de esqueleto (Backbone Atom (Cα) Alignment); SSE -- Alinhamento de elementos de estrutura secundária (Secondary Structure Elements Alignment); Seq -- Alinhamento baseado em sequência; Par -- Alinhamento de pares (2 estruturas *solo*); Multi -- Alinhamento múltiplo de estruturas; C-Map -- Mapa de contato;

Ver também Alinhamento estrutural Software de alinhamento de sequências

Categoria:Bioinformática