A Estação Ferroviária de São José do Rio Preto foi inaugurada (originalmente como Rio Preto) em 9 de junho de 1912 pela Estrada de Ferro Araraquara.
Por muitos anos permaneceu como ponto final da linha tronco. Durante a década de 1930 a EFA sofre um processo de modernização e ampliação de suas linhas que chegariam a Mirassol em 1933. Durante essa fase de modernização da ferrovia a estação de Rio Preto tem um novo prédio construído, sendo entregue em 4 de maio de 1941. Nessa época a cidade retoma o nome atual e a estação é rebatizada São José do Rio Preto.
Em 1971 a Estrada de Ferro Araraquara é incorporada pela Fepasa, que executa reformas nas estações durante as décadas de 1970 e 1980. Com o fim da Fepasa em 1998, a ferrovia é privatizada e assim a estação de São José do Rio Preto passa a ser administrada pela Ferroban (que seria posteriormente incorporada pela ALL). O último trem de passageiros partiu de São José do Rio Preto no dia 15 de março de 2001, rumo à cidade de Itirapina.
Atualmente abriga o Complexo Estação Ferroviária, inaugurado em 2024; é um equipamento cultural que integra o Museu Ferroviário, o Espaço Plataforma, o Memorial do Empreendedor e a Casa do Artesão.
Terminal Rodoviário Governador Laudo Natel esquerda|miniaturadaimagem|Terminal Rodoviário Gov. Laudo Natel, Terminal Rodoviário Intermunicipal, Museu Ferroviário e Terminal Urbano Prof. Manuel Antunes. Próximos à Estação Ferroviária de São José do Rio Preto estão o Terminal Rodoviário Governador Laudo Natel, o Terminal Rodoviário Intermunicipal e o Terminal Urbano Prof. Manuel Antunes, de onde saem as linhas municipais, intermunicipais e interestaduais da cidade.
O prédio do Terminal Rodoviário de São José do Rio Preto foi inaugurado no dia 26 de janeiro de 1973, com o nome atual. Atualmente passam pelo local mais de 6.000 pessoas diariamente, sendo que ocorrem cerca de 2.200 embarques todos os dias. São 25 empresas de transporte urbano que atuam no local, disponibilizando mais de 2.500 destinos diferentes, nacionais e internacionais.Estação Ferroviária de São José do Rio Preto : Estação Rodoviária [Governador Laudo Natel : São José do Rio Preto, SP] - Série Acervo dos municípios brasileiros; IBGE
Após um incêndio de grandes proporções no centro popular de lojas em 2021, o terminal passou por reforma e modernização de R$ 24 milhões e foi reinaugurado em 2023. Anexo ao terminal rodoviário está o Terminal Rodoviário Intermunicipal, antigo terminal urbano de ônibus, que recebe apenas ônibus de cidades próximas a Rio Preto, como Bady Bassitt, Bálsamo, Guapiaçu, Tanabi, Catanduva, Cedral, Jaci, José Bonifácio, Mirassol, Urupês, Onda Verde, Mirassolândia e Ipiguá. Terminal Urbano Professor Manuel Antunes esquerda|miniaturadaimagem|Terminal Urbano Professor Manuel Antunes Em 2019 foi inaugurado o novo terminal urbano de ônibus da cidade, que recebeu o nome de "Professor Manoel Antunes", em homenagem ao ex-prefeito que governou São José do Rio Preto de 1983 a 1988 e de 1993 a 1996. O terminal atende cerca de 75 mil pessoas todos os dias. Há vários mini terminais de ônibus espalhados pela cidade.
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